[转载]GTF格式的refGene如何在Ensembl及UCSC下载
已有 1811 次阅读 2013-8-18 00:46 |系统分类:科研笔记|关键词:如何
GTF格式的refGene如何在Ensembl及UCSC下载
1. 从UCSC genome browser中下载GTF格式的refGene, 方法如下:
2) clade选Mammal, genome选Human, assembly选择相应参考序列版本; group选mRNA and
EST Tracks, track中选Human mRNAs; table选RefSeq Genes (refGene);
output format选GTF-gene transfer format
3) output file输入文件名, refGene.gtf.gz
4) 点击get output
2. Ensembl GTF文件路径
在linux环境下直接通过ftp下载即可.
作为Tophat输入之前, 还需要进行如下处理:
gzip -dc Homo_sapiens.GRCh37.68.gtf.gz | awk '{
if ($1=="MT") {
sub(/^MT/, "chrM", $1)
} else if (!match($1,
"^G|^H")) {
sub(/^/, "chr", $0)
}
print
}' >Homo_sapiens.GRCh37.68.cufflinks.gtf
Homo_sapiens.GRCh37.68.gtf.gz是直接从Ensembl的FTP上下载的.
3. 从UCSC下载Chromosome band文件
1)
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?command=start
2) 在group中选择Mapping and Sequencing Tracks, 再在track中选择Chromosome
Band;
3) 点击get output即可.
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