加载中…linux下blast的安装
(2014-10-10 14:02:24)
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佛学 |
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[liuguiyou@localhost ~]$ blastall -p blastn -i /home/liuguiyou/Landsberg_Arabidopsis/Cereon_Ath_Ler.fasta -d /home/liuguiyou/Landsberg_Arabidopsis/ncbi_arab2.fna -e 1e-10 -o /home/liuguiyou/Landsberg_Arabidopsis/result
你安装的blast路径为 /opt/blast/
1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；
---
目的：所有用户，不管其当前路径是什么，均可以在命令行下直接调用blast包中的程序，而无需指定该程序的路径
解释：系统的PATH环境变量中包含/usr/local/bin，在命令行下调用blast包中的程序时，系统会去/usr/local/bin路径下寻找相应的命令程序
建议：简单起见，你可以略过这一步，除非你希望当使用其他用户登录后，也可以直接输入程序名来使用你安装的blast
2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；
---
目的：为第3步所做的准备工作
建议：简单起见，你可以略过这一步
3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
---
纠正：这里有一些笔误，应当是编辑.bashrc文件，并在文件中加入export PATH=/home/username/bin/:$PATH;
目的：当前用户登录后，可以直接输入程序名来使用blast
建议：简单起见，你可以略过这一步
4、在当前目录下，将数据文件格式化，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
---
执行：
5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件，拷贝文件内容如下：
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
---
这个没什么好说的，改个文件名
6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
---
若在服务器上，则如下：
1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；
2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；
3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
4、在当前目录下，将数据文件格式化，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；
3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
4、在当前目录下，将数据文件格式化，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件，拷贝文件内容如下：
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
6、进行比对
$blastall -p
blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
[liuguiyou@localhost ~]$ blastall -p blastn -i /home/liuguiyou/Landsberg_Arabidopsis/Cereon_Ath_Ler.fasta -d /home/liuguiyou/Landsberg_Arabidopsis/ncbi_arab2.fna -e 1e-10 -o /home/liuguiyou/Landsberg_Arabidopsis/result
你安装的blast路径为 /opt/blast/
1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；
---
目的：所有用户，不管其当前路径是什么，均可以在命令行下直接调用blast包中的程序，而无需指定该程序的路径
解释：系统的PATH环境变量中包含/usr/local/bin，在命令行下调用blast包中的程序时，系统会去/usr/local/bin路径下寻找相应的命令程序
建议：简单起见，你可以略过这一步，除非你希望当使用其他用户登录后，也可以直接输入程序名来使用你安装的blast
2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；
---
目的：为第3步所做的准备工作
建议：简单起见，你可以略过这一步
3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;
---
纠正：这里有一些笔误，应当是编辑.bashrc文件，并在文件中加入export PATH=/home/username/bin/:$PATH;
目的：当前用户登录后，可以直接输入程序名来使用blast
建议：简单起见，你可以略过这一步
4、在当前目录下，将数据文件格式化，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T
---
执行：
代码:
/opt/blast/bin/formatdb -i {data file here} -p F -o T
5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件，拷贝文件内容如下：
>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....
---
这个没什么好说的，改个文件名
6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out
---
若在服务器上，则如下：
Table of Contents
1 软件下载
2 软件安装
2.1 解压
2.2 设置环境变量
1 软件下载
blast：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/LATEST
blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blassst+/LATEST
下载经过编译的版本，下载下来以后，在服务器上解压就能够使用了，如果大不开就换浏览器
2 软件安装
2.1 解压
2.2 设置环境变量
我们在share中的软件，所有人都能通过修改环境变量来使用。我们把软件安装在share中
服务器并不会知道，所以要设置环境变量，告诉服务器，安装软件的位置。
修改方法：在自己的home目录下 view->Show Hidden Files.然后找到两个文件：
.bashprofile .bashrc。然后分别在里面添加一行(添加的是执行程序所在的文件夹）：
1: export
PATH=/mnt/share/ncbi-blast-2.2.28+/bin:$PATH
2: #这里是添加的blast+的环境变量
3: export
PATH=/mnt/share/blast-2.2.26/bin:$PATH
4:
修改好，保存，然后就可以在任何文件夹里使用了。
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