tophat2和cufflinks都是很重要RNA-SEQ处理的软件。
tophat2和cufflinks的安装也是相当简单的。（由于tophat2和cufflinks针对linux和Mac有编译好的二进制文件，所以不需要自己下载源码，自己编译(不推荐自己编译和安装，因为samtools或boost的编译与安装非常麻烦)）

我的操作系统是Ubuntu 14.04

tophat2：
下载网址：http://ccb.jhu.edu/software/tophat/tutorial.shtml
首先安装好bowtie2
下载地址：http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/
下载（最新版本的）bowtie2-2.2.3-linux-x86_64.zip
解压：unzip bowtie2-2.2.3-linux-x86_64.zip
cd bowtie2-2.2.3-linux-x86_64
（由于这个已经是编译好的）
（将bowtie2 bowtie2-build bowtie2-inspect拷贝到你安装目录下的bin中）cp -a bowtie2* /usr/local/bin(你也可以用export命令添加环境变量：export PATH=$PATH:/home/mars/download/bowtie2-2.2.3/    ———这个命令在每次使用tophat，你都要export一次)（可以修改/root/.bashrc文件里面你新增的路径或者修改/etc/profile文件删除不需要的路径）

然后下载tophat2（我的系统是ubuntu14.04）
http://s2/mw690/0028XVFazy6MleQgD7zb1&690



点击下载后，解压：tar zxvf tophat-2.0.12.Linux_x86_64.tar.gz

（将tophat2存放到你安装目录（一般默认是/usr/local/）下的bin中）
cd /usr/loca/bin
ln -s /home/mars/download/tophat-2.0.0.Linux_x86_64/tophat2 .(我的tophat存放在/home/mars/download)

然后，你可以敲“tophat2 -v”，显示：
Tophat v2.0.12

再者，你可以在之前的网址http://ccb.jhu.edu/software/tophat/tutorial.shtml，下载test数据，进行测试：
http://s12/mw690/0028XVFazy6MlqXRf6Peb&690




cufflinks安装
下载链接：http://cufflinks.cbcb.umd.edu/tutorial.html
http://s6/mw690/0028XVFazy6MlqgwdjT05&690

下载好已经编译的文件：cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
解压：tar zxvf cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
cd cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64
cp cufflinks cuffdiff cuffcompare  /usr/local/bin

你可以敲入：cufflinks -v  
cufflinks v2.2.1（后面是cufflinks的使用参数）

你也可以在刚刚的网址上找到测序数据，进行测试