## Download pre-compiled binaries, put them in /usr/local/bin

 ##
$ mkdir fastx_bin


# cd fastx_bin


$ wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2


$ tar -xjf fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2


$ sudo cp ./bin/* /usr/local/bin

解压后：

cd libgtextutils-0.6.1

make install

小技巧：
编译时，往往不知道是否成功编译通过，而编译没有通过就去make install 
必然会出错，增加了解决问题的复杂性，可以通过下面方法检查是否编译成功： 
一：编译完成后，输入echo $? 如果返回结果为0,则表示正常结束，否则就出错了 :( 
echo $? 表示 检查上一条命令的退出状态，程序正常退出 返回0,错误退出返回非0。 
二：编译时，可以用&&连接命令， && 表示"当前一条命令正常结束，后面的命令才会执行"，就是"与"啦。 
这个办法很好，即节省时间，又可防止出错。例： 
./configure --prefix=/usr && make && make install


一定要先安装libgtextutils，否者会出现以下错误
checking for GTEXTUTILS... configure: error: Package requirements (gtextutils) were not met:
No package 'gtextutils' found

二。fastaxtoolkit使用

1. fastq_quality_converter [-h] [-a] [-n] [-z] [-i INFILE] [-f OUTFILE] 直观观察质量值
   [-h]         =打印帮助
   [-a]         = 输出ASCII的质量得分(默认).
   [-n]         = 输出质量值数据.
   [-z]         = GZIP压缩输出.
   [-i INFILE]  = 输入fasta/fastq格式的文件.
   [-o OUTFILE] = 输出fasta/fastq文件. 

2.  fastq_masker [-h] [-v] [-q N] [-r C] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE]屏蔽低质量碱基
   [-q N]     =质量门限值，质量值低于这个门限值的将被mask掉，默认值为10
   [-r C]       = 用C替代低质量的碱基，默认用N来替代
   [-z]          = 输出用GZIP压缩.
   [-i INFILE]  = 输入FASTA文件
   [-o OUTFILE] = 输出文件
   [-v]         = 详细-报告序列编号，如果使用了-o则报告会直接在STDOUT，如果没有则输入到STDERR

3. fastq_quality_filter [-h] [-v] [-q N] [-p N] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE]过滤低质量序列
   [-q N]       = 最小的需要留下的质量值
   [-p N]       = 每个reads中最少有百分之多少的碱基需要有-q的质量值  
   [-z]         =压缩输出
   [-v]       =详细-报告序列编号，如果使用了-o则报告会直接在STDOUT，如果没有则输入到STDERR

   [-i INFILE]  = FASTA/Q input file. default is STDIN.  输入文件
   [-o OUTFILE] = FASTA/Q output file. default is STDOUT.  输出文件

4. fastq_quality_trimmer [-h] [-v] [-t N] [-l N] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE] 修剪reads的末端
   [-t N]       = 从5'端开始，低与N的质量的碱基将被修剪掉
   [-l N]       = 修建之后的reads的长度允许的最短值            
   [-z]         = 压缩输出
   [-v]       =详细-报告序列编号，如果使用了-o则报告会直接在STDOUT，如果没有则输入到STDERR

5. fastq_to_fasta [-h] [-r] [-n] [-v] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE]  fastq转换成fasta
   [-r]         =  序列用序号重命名
   [-n]         = 保留有N的序列，默认不保留
   [-z]         = 压缩输出

若用-r和-n，则

@SRR1174233.392 HWI-1116:76:D0LVDACXX:3:1101:14764:2007 length=100
NCTACTGAGTTTCCACACTGCATACCTTAGGTCTTCCGAATTCGAAGTTAATTTGCAAGATGGCTAAGGAAAAGGCTCAGATCAACATTGTGGTGGTTGG
+SRR1174233.392 HWI-1116:76:D0LVDACXX:3:1101:14764:2007 length=100
#1=DFFFFHHHHHJIJJJJJJIJJJIJJJJJFIJJJIJGIJJJIGIJGHIIJIJJIJIIJJIJJJIIJJIHIGGECDFFFFDECDDCDDCDCBDDDDDD>
@SRR1174233.404 HWI-1116:76:D0LVDACXX:3:1101:15379:2013 length=100
NTCCAGACATAGTAAGGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGCTATGTGGAGGTAACCCTCCACGGCCAGCTTCT
+SRR1174233.404 HWI-1116:76:D0LVDACXX:3:1101:15379:2013 length=100
#4=DDFFFHHHHHJIJJIJIJJIGJJJHIJJJJIIJJJJIIIJJJJIGHIIHJIIIIGGII:DECHFGHGFDDDFF?BAAC>@=AA@DD?BBBDDDCCDD
结果是：

>1
NCTACTGAGTTTCCACACTGCATACCTTAGGTCTTCCGAATTCGAAGTTAATTTGCAAGATGGCTAAGGAAAAGGCTCAGATCAACATTGTGGTGGTTGG
>2
NTCCAGACATAGTAAGGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGCTATGTGGAGGTAACCCTCCACGGCCAGCTTCT

若只用-n，则结果是：

>SRR1174233.392 HWI-1116:76:D0LVDACXX:3:1101:14764:2007 length=100
NCTACTGAGTTTCCACACTGCATACCTTAGGTCTTCCGAATTCGAAGTTAATTTGCAAGATGGCTAAGGAAAAGGCTCAGATCAACATTGTGGTGGTTGG
>SRR1174233.404 HWI-1116:76:D0LVDACXX:3:1101:15379:2013 length=100
NTCCAGACATAGTAAGGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGCTATGTGGAGGTAACCCTCCACGGCCAGCTTCT

6. fastx_trimmer [-h] [-f N] [-l N] [-t N] [-m MINLEN] [-z] [-v] [-i INFILE] [-o OUTFILE]从3'开始到5'哪些部分保留

   [-f N]       = 从第几个碱基开始保留，默认第一个
   [-l N]       = 后面从第几个碱基开始保留，默认全部碱基都保留.
   [-t N]       =序列尾部修剪掉N个碱基.
   [-m MINLEN]  = 修剪掉长度小于MINLEN的序列.

7.  fastx_quality_stats [-h] [-N] [-i INFILE] [-o OUTFILE] fastq文件的质量值进行统计
   [-i INFILE]      = 输入fastq文件
   [-o OUTFILE] = 输出的文本文件名字
   [-N]                 =使用新的输出格式，默认使用老格式
老格式输出文件：下面一行代表输出文件的一列
        column=1到36
        count   = 这列有多少碱基
        min       = 这列的碱基质量最小值
        max     = 这列的碱基质量最大值
        sum     = 这列的碱基质量的总和
        mean   =这列的碱基质量平均值
        Q1       = 1/4碱基质量值
        med     = 碱基质量值的中位数
        Q3      = 3/4碱基质量值.
        IQR     = Q3-Q1
        lW      = 'Left-Whisker' value (for boxplotting).
        rW      = 'Right-Whisker' value (for boxplotting).
        A_Count =本列A的数目
        C_Count = 本列C的数目.
        G_Count = 本列G的数目.
        T_Count = 本列T的数目.
        N_Count =本列N的数目.
        max-count =碱基数目的最大值
新的输出格式：
        循环数
        最大数目
        对每个循环的碱基 (ALL/A/C/G/T/N):
                count   = 本列碱基的数目
                min       = 本列碱基质量的最小值
                max     = 本列碱基质量的最大值.
                sum     = 本列碱基质量的综合.
                mean    = 本列碱基质量的平均值
                Q1      = 1/4碱基质量值
                med    = 碱基质量值的中位数
                Q3      = 3/4碱基质量值
                IQR     = Q3-Q1
                lW      = 'Left-Whisker' value (for boxplotting).
                rW      = 'Right-Whisker' value (for boxplotting).

8. fastq_quality_boxplot_graph.sh [-i INPUT.TXT] [-t TITLE] [-p] [-o OUTPUT]绘制碱基质量分布盒式图
  [-p]         =产生.PS文件，默认产生png图像
  [-i INPUT.TXT]=输入文件为 fastx_quality_stats的输出文件
  [-o OUTPUT]  =输出文件的名字
  [-t TITLE]        =输出图像的标题

9. fastx_nucleotide_distribution_graph.sh [-i INPUT.TXT] [-t TITLE] [-p] [-o OUTPUT]绘制碱基分布图
  [-p]          =产生.PS文件，默认产生png图像.
  [-i INPUT.TXT] =输入文件为 fastx_quality_stats的输出文件
  [-o OUTPUT]   =输出文件的名字.
  [-t TITLE]       =输出图像的标题

10. fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE] 去掉接头序列
   [-a ADAPTER] =接头序列（默认为CCTTAAGG）
   [-l N]       = 忽略那些碱基数目少于N的reads，默认为5
   [-d N]       = 保留接头序列后的N个碱基默认  -d 0
   [-c]         = 放弃那些没有接头的序列.
   [-C]         = 只保留没有接头的序列.
   [-k]         = 报告只有接头的序列.
   [-n]         = 保留有N多序列，默认不保留
   [-v]         = Verbose - report number of sequences. 报道序列的个数
                  If [-o] is specified,  report will be printed to STDOUT.
                  If [-o] is not specified (and output goes to STDOUT),
                  report will be printed to STDERR.=详细-报告序列编号
   [-z]         =压缩输出.
   [-D]       = 输出调试结果.
   [-M N]   =要求最小能匹配到接头的长度N，如果和接头匹配的长度小于N不修剪
   [-i INFILE]  = FASTA/Q input file. default is STDIN.  输入文件
   [-o OUTFILE] = FASTA/Q output file. default is STDOUT. 输出文件