ChIPBase

长非编码RNAs（lncRNAs）和小分子RNA（miRNAs）的代表两类重要的非编码RNA在真核生物。虽然这些非编码RNA与有机体的生长和人类多种疾病有着密切的关系，但很少有人知道他们的转录调控。新一代DNA测序技术（ChIP-SEQ）染色质免疫沉淀的最新进展提供了前所未有的灵敏度与检测转录因子结合位（TFBSs）的方法。在这项研究中，描述ChIPBase的（http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/），已经开发出一种新型的数据库，以方便全面的注释和发现ChIP-Seq数据的miRNA和lncRNAs的转录因子结合途径以及其转录调控的关系。当前版本的ChIPBase包括高通量测序数据所产生的543芯片SEQ从六个生物体在不同的组织和细胞系的实验。通过分析百万TFBSs的，确定数万成千上万的TF-lncRNA和TF-miRNA的调控关系。而且，还建立了2个基于网络的服务器用于注释和发现ChIP-Seq中的lncRNAs和miRNA的转录调控关系。同时，开发的两个基因组的浏览器deepView和genomeView，提供多维数据集成视图。此外，网站实现支持不同的查询类型和勘探TFS，lncRNAs，miRNA的基因本体和途径。

评价: ChIPBase数据库是一种新型数据库用于注释ChIP-Seq数据的miRNA和lncRNAs的转录因子结合途径以及其转录调控的关系的数据库,这种数据库目前并不多,而且ChIPBase     数据库提供全面、优质的检查和定期更新的数据集, ChIPBase 数据库以方便的一体化和互动式的显示，以及全面的注释和发现的 TF lncRNA 和 TF 米尔的互动地图从来自不同组织和细胞系从六个有机体的芯片 Seq 数据： 人类，老鼠、 狗、 鸡、果蝇和线虫 .ChIPBase 包含数以千计的 TF lncRNA 和 TF 米尔的监管关系，以及数以百万计的 TFBSs .此外，两种新型的 web 服务器和两个基因组浏览器也被开发为从芯片 Seq 数据全面探讨的 TFs 和 ncRNAs 的关系,并且其操作界面也是比较形象直观的算是一个功能较全面又方便的数据库。

(转载：http://phylo.croplab.org/wiki/content/chipbase：用于解码的chip-seq数据的长的非编码rna和microrna基因转录调控的数据库。）

现在具体讲讲，ChIPBase里面的具体应用。

ChIPBase里具体的操作，根据它的提示是很容易知道的。要注意的是：

在MIRNA中，有nerwork：展示了mirna与可能绑定的TF之间构成的网络。

CHIPBASE中还有TF-蛋白的数据。最后，在ChIP-Seq栏下还有根据不同细胞株或组织的各个TF绑定详细位点。

数据下载，只要在点击export即可。你可以跟下载好的数据，例如TF-蛋白的数据，然后在NCBI，或者Esembl中下载基因的数据，这样，你就可以知道TF绑定位点，蛋白的位置，进一步做判断该位点的可靠性！针对TF-MIRNA，你需要去miRBase中下载miRNAs的详细信息！