以前看文献做过STM的理论模拟，非常帅，搞不清是怎么做的，问老板，说就是HOMO、LUMO轨道（准确说是轨函的平方，及概率密度 |ψ|²），可是用GaussView做出的轨道图与实验图像相差甚远，今天用GSgrid+SigmaPlot做出了非常帅气的电子密度图，这里分享一下具体步骤，以naphthalocyanine分子为例。

1. 取一个naphthalocyanine分子的结构，计算单点能，得到test.chk文件（随意命名），用formchk命令将其转换为格式化文件：

formchk test.chk test.fchk

2. 产生电子密度的cube文件：

cubegen density test.fchk density.cube 0 h

3. 将density.cube文件放入GSgrid软件目录下，运行gsgrid.exe

2 

2 

n 

得到output.txt

4. 打开SigmaPlot，导入（import）output.txt，用Contour Plot作图（Filled Contour，彩色的那个），打开后具体设置为：

XYZ Triplt

Data for X: 选Column 1

Data for Y: 选Column 2

Data for Z: 选Column 4

然后就能看到很炫的彩色图Fig, 1.

 http://s10/middle/43b06103g7957312c7bd9&690                                            Fig. 1

如果想更进一步地模拟实验，双击图（或者右键图—Graph Properties），选左边的Contours，然后将右侧的Fill Color选为Gray Intensity，然后就能看到很帅的Fig. 2了。

http://s3/middle/43b06103gbd67efd330e2&690
                             Fig. 2

最后贴上一张HOMO轨道的密度图Fig. 3和整个分子的静电势图Fig. 4。

http://s13/middle/43b06103gbd67f2f8826c&690

                          Fig. 3 



http://s5/middle/43b06103gbd67f345db74&690
                             Fig. 4

补充说明：上述各图都是在XY平面（本例选择了合适的坐标系，使分子平面与XY平面重合）沿Z轴的投影值。