利用PHYLIP构建进化树步骤

一、获取序列
一般自己通过测序得到一段序列（已知或未知的都可以），通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列，下载保存为FASTA格式。用BIOEDIT等软件编辑序列名称，注意PHYLIP在DOS下运行，文件名不能超过10位，超过的会自动截留前面10位。
二、多序列比对
目前一般应用CLASTAL X进行，注意输出格式选用PHY格式。生成的指导树文件（DND文件）可以直接用TREEVIEW打开编辑，形式上和最终生成的进化树类似，但是注意不是真正的进化树。
三、构建进化树
1.N-J法建树
依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSENSE.EXE打开。具体步骤如下：
（1）打开seqboot.exe
输入文件名：输入你用CLASTAL X生成的PHY文件（*.phy）。
R为bootstrap的次数，一般为1000 （设你输入的值为M，即下两步DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE中的M值也为1000）
odd number: (4N+1)(eg: 1、5、9…)
改好了y
得到outfile（在phylip文件夹内）
改名为2
（2）打开Dnadist.EXE
输入2
修改M值，再按D，然后输入1000（M值）
y
得到outfile（在phylip文件夹内）
改名为3 
（3）打开Neighboor.EXE
输入3
M=1000（M值）
按Y
得到outfile和outtree（在phylip文件夹内）
改outtree为4，outfile改为402
(4)打开consense.exe
输入4
y
得到outfile和outtree（在phylip文件夹内）
Outfile可以改为*.txt文件，用记事本打开阅读。
四、进化树编辑和阅读
outtree可改为*.tre文件，直接双击在treeview里看；也可以不改文件扩展名，直接用treeview、PHYLODRAW、NJPLOT等软件打开编辑。TREEVIEW可以显示BOOTSTRAN值，序列较多（60条以上）的时候打开直接显示有明显的重叠，可以在打印预览中显示，或输出为EMF WMF图片文件看，但是序列较多时BOOTSTRAN值的显示位置比较乱，和序列名称有重叠。
PHYLODRAW的编辑功能较强，可以自由调节X、Y轴的长度。输出格式为BMP、PS格式。缺点是不能直接显示BOOTSTRAN值，包括打开TREEVIEW输出的NEX文件，而且输出的BMP文件不全，类似截屏文件，我用PHOTOSHOP进行拼接合成，添加BOOTSTRAN值和注解符号等。据说也可以将PS文件用记事本打开，改变其中的字号，然后通过ADOBE　DISTRILLOR将PS转化为PDF，就可以解决问题。如果发现还有重叠，可以再次改变PS文件中的字号大小，直到合适为止。 

NJPLOT可以显示BOOTSTRAN值和分值长度。但是不能调节图片X、Y轴的长度。

建MP,ML树将Dnadist和Neighboot两步分别改为Dnapars和Dnaml，其余步骤相同。据说ML法序列较多是非常耗时，我没有尝试。因为我的序列较多。

也可以用CLASTAL X中的BOOTSTRAN N-J TREE法生成进化树，TREE菜单输出格式选项（OUTPUT FORMAT OPTION）中的BOOTSTRAN LABELS ON 选NODE（节点）。在treeview里，选择tree菜单 ,然后把show internal edge lables 的选项打勾了，直接打开生成的文件bootstrap的值就可以显示出来。
具体可以参考：

进化树构建网址：http://www.mipang.com/blog/221547.a7f.htm