大石林的颜色是浅灰色的，而乃古石林的颜色却是灰黑色的。主要原因是岩石的成分不同。大石林的岩石是较纯净的石灰岩，主要矿物成分是方解石（含钙）。而乃古石林的岩石是白云质灰岩和硅质灰岩，矿物成分除了方解石外，还有白云石（含镁）和燧石（含硅），因此岩石风化以后，颜色差别很大。其次，岩石表面苔藓地衣的生长也加深了岩石颜色。

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