各种生物通过杂交都会产生杂种优势，玉米的杂交也是一样。采用两个不同遗传性的亲本（自交系），经过杂交而获得的后代，往往超过原来亲本，表现出强大的优势。就玉米来说，杂种第一代（F1）无论株高、茎叶、根系、雄穗、雌穗和籽粒，以及其他的抗旱耐涝、抗病虫害和抗倒伏能力、光合作用强度等方面，都比亲本优越得多，因而产量也就大提高，这些优越性的表现，便是一般所讲的杂种优势。这也是利用杂种优势的理论依据。但玉米的杂种优势以第一代（F1）最强。生产上如果将杂交种第一代种植收获后留种，下造（年）继续种植，已是杂种第二代（F2）。杂交种第二代的植株高矮不齐，果穗大小不一致，成熟早晚也不一致，杂种优势显著减弱，产量也大大降低。

因为杂种第二代（F2）是由杂种第一代自由授粉得来的，在其群体株与株之间的遗传基础，已经不是搭配最好的了，而是好坏兼有，甚至接近原来父、母本自交系的遗传基础，分离出一些产量低的个体，使产量随之显著下降。单交种第二代产量下降最多，其他类型的杂交种第二代也均表现不同程度的减产。所以玉米杂交种不能留种，要年年配种，年年利用第一代，才能起到增产的作用