我国一直实行部门分割的交通管理体制，公路、水运归交通运输部管理，铁路归铁道部管理。港口实现投资来源和经营主体的多元化，运输市场和价格全面开放；铁路运营由铁道部统一管理，运输价格则由国家发展和改革委员会确定。港口与铁路在规划、建设、运行等方面存在诸多不协调的问题，造成港、站分离，运输方式的转换、衔接比较困难，联运成本偏高。例如，与广西北部湾港口群连接的地方铁路与外界的国铁分属地方管理与铁道部管理，配套政策和衔接效果欠佳，引起货物装卸作业次数增多、运输时间和费用增加，导致云南、贵州等地货物经过广西不停留而改走更远的深圳盐田港。

海铁联运是一个综合性的系统工程，既涉及到海关、商品检验、卫生检验、动植物检疫机构等行政性的政府部门，也涉及到铁路、港口、短途公路运输、堆场、电子数据交换  (EDI)网络管理等企业性质的合作部门。相关行政性的政府部门的职责在于在国家制定的政策方针下，有效地总体组织协调集装箱海铁联运工作，监督和解决

地区联运中出现的问题。海铁联运的相关合作企业要解决的问题是应以市场为纽带，转变市场经营观念，创新联运模式，提高联运效率和效益，统一协调各方利益，合作多赢，共同促进海铁联运的高效运行。