一开始的“大学学院”是开设在首位校长Abraham Pierson位于Killington（今为Clinton）的家中。1716年校址迁至康州纽黑文市，直至今日。与此同时，在美国另一所大学哈佛大学，第六任校长Increase Mather与学校神职人员之间出现了裂痕。Mathe学校当局屡次拒绝Mather的儿子并且是同事Cotton Mather继任校长的请求。r辞职之后，两方关系进一步恶化，这场因宗教异见引起的纷争最终导致Mather父子在大学学院任职。

1718年，Cottan Mather与一位成功的威尔士商人伊莱胡·耶鲁建立了联系，请求他为学校新建一幢建筑提供经济帮助。耶鲁在印度时任东印度公司的代表并借此发家，他总共为大学学院捐献了9捆货物，出售所得超过560英镑，这在当时是一笔可观的款项。耶鲁同时还捐献了417本图书和一幅英王佐治一世的肖相。因此Cottan Mather提议将大学学院改名为耶鲁学院，以表感谢，并期望能够得到另一笔捐款。事实上，当学校改名为耶鲁的消息传到伊莱胡·耶鲁的家乡北威尔士的Wrexham时，伊莱胡·耶鲁并不知情，因为他当时身在印度，并终身没有回到故乡。而当他最终将全部遗产捐献给“康涅狄格殖民地之大学学院”时，已更名的耶鲁大学至今未能成功领取这笔遗产。

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耶鲁校园中的教堂之一