急性淋巴细胞白血病基因突变检测的临床意义

童春容编译

约75% 的儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)有重现性染色体和/或基因异常，可用染色体显带技术，荧光标记探针的原位杂交技术，分子生物学技术检测出来。B-ALL常见超二倍体（染色体超过50条/每个细胞）、亚二倍体（染色体小于44条/每个细胞），染色体易位引起融合基因如t(12;21)/ETV6-RUNX1 (TEL-AML1)、t(1;19)/TCF3-PBX1 (E2A-PBX1), t(9;22)/BCR-ABL1、11q23易位形成MLL融合基因等。在T-ALL常见激活性NOTCH1基因突变，超二倍体，染色体易位导致以下转录因子基因异常，如: TLX1(HOX11)、TLX3 (HOX11L2)、LYL1、TAL1、MLL等。这些结果可以帮助医生了解患者的预后并选择治疗，对提高ALL的整体治愈率起到很重要的作用。但仍有一些患者不能很好地预测并尽早选择恰当的治疗，最终复发。ALL复发后如果不能再次获得完全缓解或部分缓解，移植成功率明显比AML差，所以及时判断ALL的预后尤其重要。

随着基因测序技术的进展，测序技术逐渐进入临床应用。全基因组测序研究发现，绝大多数ALL患者都有基因突变，ALL累及的基因突变在50个以上，大多数ALL的基因突变累及以下基因：PAX5、IZKF1、EBF1、LMO2、CDKN2A/2B、PTEN、RB1、BTLA、CD200、TOX、NR3C1、TBL1XR1、ETV6、ERG等。以下基因突变与ALL的预后及治疗选择相关，因此受到关注。

1   IKZF1

IKZF1基因缺失性突变是高危ALL的特征，约63.0～83.7%的BCR-ABL1阳性B-ALL患者伴IKZF1基因突变，BCR-ABL1阴性但有IKZF1突变的患者和BCR-ABL1阳性的患者具有相似的基因异常特征，包括激酶激活的特征，又称为BCR-ABL1样ALL。美国儿童癌症协作组（COG） AALL0232研究显示， 经过对年龄、性别、血液白细胞计数校正后的统计，BCR-ABL1样B-ALL的无事件生存率(EFS)比无IKZF1突变者差，分别为62.6%±6.9% ，85.8%±2.0%。BCR-ABL1样ALL用酪氨酸激酶抑制剂（TKI）或JAK拮抗剂治疗可能有效。

约15%的儿童B-ALL、30%的成人B-ALL和5%的T-ALL患者有IKZF1突变，约20%染色体核型正常的ALL患者有IKZF1基因突变。MLL相关融合基因阳性的ALL患者也常伴IKZF1突变。IKZF1很少发生于髓性白血病，但约86%的慢性粒细胞白血病（CML）患者急淋变时可检测到发生IKZF1突变，是CML患者急变的重要促进因素。约50%的IKZF1突变患者有CRLF2 异常及JAK1/2突变。

2  CRLF2易位及JAK家族突变

CRLF2基因位于Xp22.3/Yp11.3染色体的PAR1区域，编码细胞因子受体样因子(又被称为胸腺基质淋巴刺激素受体)，CRLF2与IL7Rα一起形成胸腺基质淋巴刺激素受体。CRLF2易位形成IGH@-CRLF2融合基因或CRLF2突变导致P2RY8-CRLF2过度表达与ALL有关。

CRLF2基因异常与JAK基因激活性突变有关。JAK家族包括JAK1、JAK2、JAK3、TYK2。JAK/STAT为细胞因子、趋化因子、生长因子受体的信号传导途径。与MPN的标志性突变JAK2 V617或exon12突变不同，ALL的JAK1/JAK2的突变发生在假激酶或激酶结构域。50%有CRLF易位的患者有激活性的JAK1/2突变，几乎全部有JAK1/2突变的B-ALL同时有CRLF2易位。

约7%的儿童ALL，50%的唐氏综合征相关ALL(DS-ALL)有CRLF2异常。最近美国儿童癌症协作组（COG）研究显示，在非DS-ALL, CRLF2基因异常者预后差。

无论有无同时伴随JAK基因突变，CRLF2异常者表现为JAK-STAT、PI3K/mTOR途径激活，用JAK及mTOR抑制剂可能有效。美国已经开始临床试验，采用JAK抑制剂ruxolitinib治疗儿童恶性肿瘤，包括CRLF2和/或基因突变的ALL。

JAK1/JAK2基因突变见于18%-35% 唐氏综合征相关ALL(DS-ALL), 10%的BCR-ABL1阳性ALL，JAK1突变也可见于T-ALL。JAK基因突变的ALL预后差，用JAK抑制剂治疗可能有效。

3 CREBBP

CREBBP编码转录共激活因子乙酰转移酶CREB结合蛋白, 其突变见于约20%的复发ALL，特别易见于复发的超二倍体ALL。突变区域位于组蛋白乙酰转移酶(HAT)结构域，CREBBP介导糖皮质激素的反应。因此CREBBP突变者对激素疗效差可能是ALL复发的原因，用组蛋白去乙酰基酶抑制剂可能有效。

4 TP53 (p53)

在ALL不常见，但预后差, 见于12%的复发的ALL。

5 PHF6

2009年首先在早期前体T-ALL(ETP-ALL)中发现PHF6突变，其白血病原始细胞表达cCD3，不表达CD1a及CD8，CD5弱表达或缺失，不表达干细胞及髓系标志。ETP-ALL占T-ALL的10-15%，诱导缓解率、EFS均低。ETP-ALL与非ETP-ALL比较，激活性基因突变（如NRAS、KRAS、JAK1、NF1、PTPN11、JAK3, SH2B3）及IL7R发生率分别为67%、19%。

6 IL7R

基因突变见于7%的B-ALL及T-ALL。IL7R基因突变导致IL7及JAK-STAT信号途径激活。用JAK抑制剂ruxolitinib治疗IL7R突变的ALL可能有效。

7 EZH2

为表观调节基因突变，在ETP-ALL患者发生的频率很高，也可见于滤泡淋巴瘤(FL)，但在这两种疾病，EZH2突变的位点不同, 在FL多在Y641突变。提示可用表观基因调节剂治疗。

8   激酶活性增加相关的基因易位或突变：ABL1、PDGFRB、 EPOR、JAK2、SH2B3

这类患者用TKI可能有效

9   NOTCH1、FBXW7、NUMB

NOTCH1激活性突变见于约40%的T-ALL。FBXW7及NUMB为NOTCH1的调节基因，如果发生功能丢失性突变也可导致NOTCH1激活。最近已经开发了NOTCH1的小分子抑制剂或抗体，可能对这类基因突变患者有效。

参考文献

1    Charles G. Mullighan，2012, The molecular genetic makeup of acute lymphoblastic leukemia Charles G. Mullighan， ASH Educate Book

2    Kraszewska MD, et al, 2013, BCL11B, FLT3, NOTCH1 and FBXW7 mutation status in T-cell acute lymphoblastic leukemia patients. Blood Cells Mol Dis. 2013 Jan;50(1):33-8.

3    Ma W, et al, 2012, NOTCH1 signaling promotes human T-cell acute lymphoblastic leukemia initiating cell regeneration in supportive niches. PLoS One. 2012;7(6):e39725.