以前一直混混沌沌，知道RNA-seq建库测序大概是打断、加接头、PCR、测序这么些步骤，至于具体每步如何操作，最终怎么测得的PE Reads；Reads跟原始模板的对应关系，都很模糊。这两天还算清闲，便简单整理整理。

RNA建库步骤1：

​​总RNA ---> polyA富集mRNA ---> 打断 ---> 随机引物反转录成cDNA ---> 末端修复、加A、加接头（该过程是PCR过程）

此时产物为：​

​​​

RNA建库步骤2：

步骤1产物稀释（稀释倍数可能为1000或10000倍，或更少或更多）​ ---> cBot 成簇  ---> 测序

稀释的目的有2个：

- 减小体系的dup率；

- 保证​产物进入cBot时有自己的空间，以利后期成簇；

成簇过程：

​测序：

SE测序较为简单：

PE测序则相对复杂：​

​从PE测序来看，Read1跟Reads2并非是直接测模板的两端，而是其中一条Reads测的是模板的某一段的互补或反向互补序列。