从产生的无籽西瓜种子的发育情况和产生的无籽西瓜的品质来看，不用二倍体西瓜作为母本的原因总结有二：

1、如果仅从染色体组的角度考虑，无论用二倍体作父本四倍体作母本还是用四倍体作父本用二倍体作母本，杂交得到的子代都是三倍体。但是，三倍体西瓜并非不产生胚珠，而是胚珠中不能正常通过减数分裂产生卵细胞！也就是说，“无籽西瓜”并非没有种子的所有部分，只是没有种子的胚和胚乳而已，种子的种皮还是有的。   

我们知道，真核生物除了有核基因外，线粒体、叶绿体中还有细胞核质基因，而后者则几乎全部是来自母本的。也就是说，如果用二倍体作父本四倍体作母本，则三倍体西瓜的细胞质基因来自四倍体；反过来，如果用四倍体作父本二倍体作母本，则三倍体西瓜的细胞质基因来自二倍体。    实践证明，细胞质基因来自二倍体的三倍体西瓜，其珠被能正常发育成种皮！这样一来，得到的“无籽西瓜”在吃的时候，人们的感觉将是完全有籽的！因为，我们之所以不喜欢有籽西瓜，并不是不喜欢它种子中的胚，而是不喜欢它那坚硬的种皮！

2、生物的染色体组数越多，生长发育越慢，但同时体型会变大。  四倍体做母本，二倍体作父本，此时胚是三倍体，种皮是母本发育的，是四倍体，所以胚的发育时间比种皮的发育时间短，当胚发育完全时，种皮尚未发育完全，故种皮较薄，利于播种。  反过来，若是四倍体作父本，二倍体作母本，则胚是三倍体，种皮是二倍体，种皮发育完全时胚尚未发育完全，等胚最终发育完全时，种皮已经发育的过盛了，此时种皮较厚，播种时便不利于发芽了。故只能用四倍体做母本，二倍体作父本