用Annovar注释人类以外的基因组_鳉鲈

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用Annovar注释人类以外的基因组

(2022-06-08 10:55:29)

分类：日常记录

一、以大肠杆菌为例，构建所需注释所需文件

1，下载gtf或者gff文件。

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/022/665/GCF_000022665.1_ASM2266v1/GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.gff.gz .

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/022/665/GCF_000022665.1_ASM2266v1/GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.gtf.gz .

2，新建注释文件夹

mkdir ECdb

3，解压文件

gunzip GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.gff.gz

4，下载gff3ToGenePred’ 或gtfToGenePred 工具，推荐使用GTF格式，因为有些GFF3格式文件转换可能不正确

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred .

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gff3ToGenePred .

chmod +x gff3ToGenePred

5，生成GenePred文件

./gtfToGenePred -genePredExt GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.gtf EC_refGene.txt

./gff3ToGenePred GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.gff EC_refGene.txt -useName

哪个格式对用哪个

6，下载基因组文件

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/022/665/GCF_000022665.1_ASM2266v1/GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.fna.gz .

gunzip GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.fna.gz

mv GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.fna GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.dna.fa

7，用 retrieve_seq_from_fasta.pl生成 transcript FASTA file

perl /apps/annovar/retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile GCF_000022665.1_ASM2266v1_genomic.dna.fa EC_refGene.txt --outfile EC_refGeneMrna.fa

8，注释

perl /apps/annovar/table_annovar.pl LDTYF06_323.raw.variant.vcf.gz ECdb -buildver EC -out test -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinput --dot2underline

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