1999年5月，中国琼海03091号渔船在黄岩岛附近海域被菲律宾47号军舰追击并撞沉，此后8名船员被中方渔船救回，另3名船员被菲方扣留，直到 1999年7月他们才得以返回祖国。事件发生后，中国外交部迅速做出回应，指出黄岩岛是中国固有领土，菲海军军舰撞沉我渔船，严重危害了中方渔民的人身安全，侵犯了中国主权。

　　朱邦造(外交部发言人)：中方对菲军方的行为表示强烈不满，要求菲方惩办肇事者，赔偿中方渔民的损失，并采取必要措施制止此类事情再次发生。

　　2001年初，菲律宾海军在南海登上中国渔船，没收渔民捕获物，并强令渔船离开。随后中国外交部发言人孙玉玺发表谈话，指出中方已就菲方的上述非法行为，向菲方提出严正交涉，要求菲方切实尊重中国的领土主权，恪守双方达成的共识，以维护南海地区稳定和中菲友好大局。

　　2001年3月，菲律宾军舰对黄岩岛附近10艘中国渔船登临检查，并没收部分捕捞工具和渔货。此次事件，中国外交部表态认为，中国渔民在黄岩岛海域作业是正当、正常的，菲方无权对黄岩岛附近海域的中国渔船登临检查和采取措施。

　　2011年10月18日，菲律宾一艘军舰在我国南海礼乐滩附近海域撞击了一艘正拖曳25艘小船航行的中国大型渔船，致使25艘无人小艇失去控制并被菲方扣留。

　　2011年10月20日，中国外交部发言人姜瑜今天在例行记者会上表示，中方已就中国渔船在南沙遭菲律宾军舰袭扰一事向菲方表明立场，要求菲方尽快无条件归还中方小艇，妥善处理有关问题。姜瑜说“中国对南沙群岛及其附近海域拥有无可争辩的主权，中国渔民在世代作业的传统渔场捕鱼作业完全正当”。姜瑜还说，“菲方的行为损害了中国渔民的合法权益”。

　　此次黄岩岛事件依然是由菲方军舰侵犯中国主权，袭扰中国渔船渔民而引起的。