燃灯寺始建于公元200年左右的东汉时期，初兴于盛唐，鼎盛于明清。
   据传，盘古开天，燃灯出世，生时身体光明如灯，故为燃灯佛，又名定光佛。燃灯佛一日云游至罗汉尖长溪河边，发现雪山崖边群山碧翠，芳草连连，觉得是个好地方，遂发愿在洞内闭修。今燃古洞尚在，旁有仙步石崖。在一个大雪纷飞的冬天，燃灯佛正在考虑如何选择寺址时，玉帝派鲁班连夜赶来架立山门，时人遂建燃灯寺。当地民间有传说为：东汉末年，兵燹遍地，社会动乱。某年夏天一日的晚上，雷电交加，有金像自西飞来，清晨则见庙宇耸立，此后兵匪再不入寺前山口。

  燃灯佛道德高深，为民间除恶除害的故事广为流传。我国评书艺人单田芳先生所说的评书，如《西游记》《封神演义》等，在其中都讲到了燃灯老祖斩妖除魔、为国为民除害的很多故事。燃灯佛的声誉在我国以及海外各门派的佛教、道教中位居十二上仙之首，他通过几千年的修练，道法无边，连西天如来佛祖都敬他三分，和如来佛地位相等。在《封神演义》《武王伐纣》中，玉帝为收回商朝暴君纣王王位(纣王因妖狐妲妃而荒淫误国)，用舍利子发哪吒出世，长大后为伐纣先锋。哪吒生性骄横，易惹祸，其父李靖难以制服，巧遇燃灯佛，请其用七孔玲珑宝塔收服哪吒，燃灯佛交塔和咒语给李靖，哪吒终成为武王伐纣大将军，打败和降服了助纣为虐的各路门派天神，直至击败商纣的反攻而平定大乱，终建周朝，使天下百姓安居乐业，过上太平的日子。

唐朝天宝八年(公元749年)，金二祖师(寺址今岳西县司空山)自京来松滋督修燃灯寺。(见通志)。

明朝万历四十年(公元1612年)重建。相传在该寺建至冲顶无法收尾时,住持僧演十化缘归来,在长溪河银子石歇息解手,事毕扯石边青草净尻,发现草下有好多白银,喜极而泣,于是口诵佛号,将银子带回助修古寺,大殿得以竣工。

清朝顺治八年(公元1651年)，知县孙继文捐款重建。前重山门结构精巧，全由石块砌成，组成龙凤、花鸟、鱼虫、八仙图案，其雕刻工艺堪与敦煌龙门石窟媲美。中重正殿庄严雄伟，殿柱上曾书有皖松文坛领袖朱书所题楹联：
   古寺燃灯，借一点灵光，好读圣经贤传 ；长溪如带，流千秋秀水 都成学海文澜。

据相关史料记载，邑中名士金中士(万历王辰进士)、方际明(明末理学大师)、田有年(崇祯进士)、朱书(康熙癸末进士)、朱绍文(清末进士)等，都曾来燃灯寺求学，他们中有因家境贫寒，好借佛灯阅读，有求佛门清净。得以悟学精进，有懒灵光指点，洞开觉路，成就松滋文坛巨匠。

一九五一年，该寺被毁大半，“文革”时的一九六七年夏，古寺几乎全部拆毁用去做公社办公房屋和礼堂去了,仅存黄鹤亭上黄鹤木雕一只以及少量的散乱的明清碑刻。黄鹤亭由燃灯大队以300元人民币买下做茶叶加工厂。1980年茶叶加工厂已停产，宿松铜铃吴氏秀二公支下一信徒至来到此处出家，拜九华山宝慈僧为师，法号妙清。1991年，以隘口乡燃灯村村民汪金龙为首重建燃灯寺，修复古佛殿，修缮黄鹤亭，在燃灯寺对面小山坡上建轩月亭（未完工）。白衣帝君殿因原址为村民建房，无法重建复原。

1992年,汪金龙、邓骥才、吴正明等当地居士为首，重建古寺,召集周边三乡八村信众捐工捐木捐款，先后复修古佛大殿、山门、望月亭、斋堂、僧房等，并对周边环境进行了合理保护，为燃灯古寺留下了宝贵的资源和文物财富。

 2002年当地信众集资在寺前河畔新建望月亭一座。