人们把各种各样的坏事都归咎于行巫术的人。德国杂志《当年》说，在那个年代，要是有“霜冻，或是蜗牛、毛虫吃掉了种子或农作物”，人们都会说是巫师或巫婆做的。如果冰雹打坏了作物，母牛不出奶，男人阳痿或女人不孕，都是巫师和巫婆之过！

怎样断定一个人有没有行巫术呢？一个方法是把“疑犯”绑起来，放进一池冰冷的“圣水”中。如果他们沉下去，就会被拉起来，不算有罪。如果他们浮起来，就会被视为巫师或女巫，然后就地处决或被押去受审。另一个判断方法是为“疑犯”量体重，因为据称行巫术的人都很轻，甚至没有重量。

此外，人们也会尝试在“疑犯”身上寻找“魔鬼的记号”，也就是“魔鬼跟行巫术的人订下协议后，在他身上留下的可见标记”，借此确定那人是不是巫师或巫婆。（《西方世界的猎巫运动》）官员会“剃掉被告身上所有毛发，彻底检查他们身上的每寸皮肤”，搜寻这样的记号，而且是在众目睽睽之下这样做。他们会在胎记、疣、疤痕等地方扎一根针，如果被扎的地方没有流血或看来不痛，就会被认为是“魔鬼的记号”。在巔峰期的16世紀，獵巫審判大多是由世俗法庭而非宗教法院審判。一开始猎巫都是用絞刑的，但因为據說女巫与巫师死掉后留下的的尸体会变成吸血鬼，所以后来就使用火刑，因为要把尸体也摧毁掉以绝后患。典型的例子就是圣女贞德，15世纪初，圣女贞德因为巫术罪被处死，贞德出生在英法百年战争期间，她帮助法国当时的王太子，后来的查理七世赶走了英国人，力挽狂澜，但查理七世害怕贞德的盛名影响他的权威，将其以一万英镑的价格卖给了英国人，宗教法庭则控告贞德巫术罪和异端罪，1431年，贞德作为女巫在卢昂广场被烧死。

由于「女巫」被魔鬼施了魔法，对疼痛不再敏感，因而宗教法庭和世俗法庭在审判「女巫」问题时可以对她们随心所欲地施行各类酷刑，据外国史料记载，「如果一个不幸的妇女在行刑时因痛苦不堪而骨碌碌地转动眼睛，对于法官来说，这意味着她正用眼睛来寻找她的魔鬼，而如果她眼神呆滞，木然不动，这意味着她看见了自己的魔鬼，并正在看着他如果她发现有力量挺得住酷刑，这意味着魔鬼使她支撑得住，因此必须更严厉地折磨她，如果她忍受不住，在刑罚下断了气，这意味着魔鬼让她死去，以使她不招认，不泄露秘密。」如果一个女子被控告为「女巫」，那么不管有罪没罪，她所面临的只有死路一条，因为审判时的每一个回答，每一个表情，都会被设定为有罪的表现。不论是天主教国家还是基督新教国家，都大力推行猎巫运动。在某些地区，信奉基督新教的统治者用来灭巫的手段，甚至比信奉天主教的更加残酷。從1450到1750年約有三萬五千至十萬人以「獵巫」的名義被處決，不过后来，理性主义抬头，情况就慢慢改变了。例如，曾把许多“巫师”和“女巫”送去绑在柱上活活烧死的耶稣会教士弗里德里希·施佩在1631年写道，他认为这些被处决的人全都是无辜的。他警告说，如果猎巫运动继续下去，全国的人都会死光。此外，那时的医生开始看出，人有痉挛一类的症状纯粹因为身体出了问题，不是因为邪灵附身。因此，在17世纪，审讯巫师和女巫的事大幅减少，到了17世纪末，这样的审讯从慢慢地销声匿迹。