https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b7/Cathedral_in_Xujiahui.jpg/800px-Cathedral_in_Xujiahui.jpg

耶穌會成立之初，會祖聖依納爵·羅耀拉的摯友，被稱為東亞宗徒的沙勿略（St. Francis Xavier S.J.）就到了印度、日本，但是没有能够进入中国本土，只遗憾的於1552年死在中國廣東沿海的上川島。

就在這一年，利瑪竇誕生，三十年後的1583年，作为耶稣会传教士的利瑪竇登陆廣東，在中國南方輾轉度過十八年後，終於在1601年進入北京。爾後十年，利瑪竇以其精湛的數學和天文知識，和对中國经典的通晓，在中國的知識份子中建立了良好的形象。這個模式也被其他許多相繼來華的耶穌會士採用。

1644年清兵入關，順治、康熙皇帝继续重用西方傳教士。耶稣会龙华民、邓玉函、湯若望、南懷仁等人相继服务于曆局和欽天監等政府機關；全國信徒有27萬。

1698年，耶稣会传教士巴多明（Dominique PARRENIN）来华。后来他介绍中国文化的书信，影响了法国启蒙运动学者伏尔泰。17世纪后期，耶稣会传教士是西方了解中国的最專業的人士。

中国礼仪之争之后，1724年，从雍正皇帝开始在全国查禁天主教，迫害教徒和传教士，但在北京宮廷裡仍留用一批耶穌會士，担任御前學者和藝術家。有義大利籍畫家郎世寧（Brother Giuseppe Castiglione S.J.），和負責製作地圖的蔣友仁神父（Fr. Michel Benoist S.J.）。

1773年7月，教廷宣布解散耶穌會。從明末到清初，耶穌會總共有472位會士在中國服務了190年。

1814年，耶穌會被教皇庇护七世重新恢復。

1842年7月11日，三位法國籍的耶穌會士南格祿（Fr. Claude Gotteland S.J.）、李秀芳（Benjamin Brueyre, S.J.）與艾方濟（Francois Esteve S.J.）重返中國。

1847年在上海徐家汇（当时尚是郊外的一个村庄）正式建立传教中心，包括几所修道院、孤儿院、天文台、土山湾印书馆、气象台、博物院、藏书楼以及男女中学等；徐家汇圣依纳爵堂至今留存。作为上海教区的主教座堂耶稣会以徐家汇为中心，逐渐将天主教传遍教廷委托其负责的江南代牧区（江苏、安徽两省），至1920年左右，信徒有20万人。

1856年，耶稣会开始负责新成立的直隶东南代牧区。主教座堂最初位于威县赵家庄，不久迁移到献县张家庄，建造了华北著名的大教堂献县张庄耶稣圣心主教座堂和规模庞大的教会建筑群，是耶稣会继上海之后，形成的第二个在华传教中心。

在1900年的義和團事变中，直隶东南代牧区受到重创；5万多名教友中有5000多人丧生，其中有3000多名都是7月20日在景州朱家河同一日被杀。不过，事变后，直隶（河北）的天主教徒的增长速度愈加迅速。

1925年以前，在中国的2所天主教大学均为耶稣会创办：即1903年在上海创立震旦大學，1922年創立天津工商学院。1925年以后，中国共有3所天主教大学（仅在北京增设一所辅仁大学，本笃会创办，不久由圣言会接办）

1950年前，有913名耶稣会士在中国传教，占全世界（4650人）的1／5。他们在中国负责河北、江苏（含上海）、安徽3省的10个教区，五百多座教堂。