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Sanger测序、新一代测序(NGS)所需样品前处理和制备—Aline产品

(2015-03-13 05:58:31)
标签:

sanger测序

新一代测序

下一代测序

测序样品制备

测序文库构建

分类: 群晓推广

Aline Biosciences (ALINE)致力于向全球客户提供用于基因组研究的最高质量和最佳效果试剂。

ALINE专门生产基于磁珠技术的创新性专利生物产品。从2009年开始,ALINE已设计、制造了多种用于测序平台和DNA/RNA样品制备的磁珠(专利)产品。ALINE产品以优良的品质赢得了包括500强企业,CLIA(Clinical Laboratory Improvement Amendments)认证遗传诊断实验室,知名基因组研究中心和NGS测序服务企业在内广布在世界各地用户的的信任。

http://s15/small/0023pY0vgy6QEHD9Bca4e&690
ALINE做什么?

基于磁珠的试剂盒

Sanger测序所用纯化(cleanup)产品

新一代测序所用纯化产品

DNA/RNA/microRNA提取产品

DNA均一化(normalization)产品

DNA大小筛选产品(DNA Size Selection)

产品类型

NGS文库纯化(cleanup)

DNA纯化(purification)试剂盒

RNA纯化试剂盒

NGS均一化试剂盒

Sanger测序试剂盒

NGS文库预制备(Prep)试剂盒

 1.      NGS Library Cleanup

包括如下物种产品:DNA Molar NormalizerDNA Normalizer V2DNA SizeSelector - IIDNA SizeSelector-IPCRClean DXRNA MagClean DX

 1.1 DNA Molar Normalizer

简要描述

新产品。DNA均一化试剂盒基于DNA分子数量而不是重量进行标准化,标准化后,大DNA分子和小DNA分子将具有相似的数量。适合不同长度片段PCR产物的混合,用于NGS

详细描述

相同重量的DNA,对于小分子DNA而言,将在数量上大量超过大分子DNA。基于重量均一化DNA分子导致的结果将是:对于相同纳克DNA,长链DNA分子数将远少于短链DNA分子。因此,对于长度不同的PCR产物,基于DNA分子数量进行均一化处理十分必要。ALINE专利的顺磁珠(paramagnetic beads)产品具有固定的DNA结合能力和根据DNA长短尺寸区分(differentiate) DNA能力。经molar DNA均一化后,不同长度的DNA分子(分子量)在均一化后的溶液中数量类似。

这一试剂盒适合PCR产物的均一化处理。

 1.2 DNA Normalizer V2

简单描述

USA专利产品。在不同的DNA(例如PCR产物)中,均一化靶标DNA片段。

详细描述

DNA Normalizer基于Aline专利的顺磁珠技术研发。这种顺磁珠具有固定的DNA结合表面,因此,通过限制纯化反应体系中磁珠的量,用户可分离获取预先设定的DNA量。通过此纯化过程进行DNA均一化处理,可省掉额外的DNA定量和稀释过程,大量节省时间,劳力和试剂。PCR扩增产物(amplicons)可选择该产品实现标准化,并通过简单一步混合,用于新一代测序文库的构建。利用该试剂每次可获得100 ng DNA

流程

I.          PCR产物或基因组DNA与磁珠结合,在磁板上分离磁珠;

II.         水洗磁珠,移除过量DNA,核酸,盐和其它物质。

III.       洗脱DNA

步骤简单,可在thermal cycling plate上完成,无需离心和过滤。可自动化,实现高通量。

下游(down stream)应用

用于新一代测序平台,如Illumina, Ion Torrent, PacBio, Roche/454, SOLiD的文库制备

毛细管测序

任何其它的分子工程平台

产品特点:

双重功用(dual action):均一化和PCR纯化一步实现,节省流程,高效省时

无需离心和过滤

通量灵活(Scalable):可选择离心管,96384孔板

易于操作与实现自动化

 1.3 DNA SizeSelector - II

简要介绍

筛选用于IlluminaIon Torrent新一代测序的文库DNA长度

详细描述

是为IlluminaIon Torrent应用而在SizeSelector-I基础上开发的新版产品。经优化实现对300800 bp大小范围DNA的回收。ALINE专利的基于磁珠DNA筛选产品具有更高的DNA回收和分离效率。这种方法具有灵活的通量和高的调整能力,你可以根据需要分离相应DNA。与其它基于珠子的DNA分子大小筛选方式相比,DNA SizeSelector-I一致性更高,选择此产品能把批次间差异降到最低。

产品特点

IlluminaIon Torrent设计,性能卓越的DNA片段长度筛选产品

多能,灵活的序列片段选择能力:无需使用凝胶

有效去除引物二聚体:无需进一步纯化

易于操作和实现自动化

通量灵活:可选离心管,96384

无需离心,负压(vacuum)或过滤。

 1.4 DNA SizeSelector-I

简要描述

用于在新一代测序文库制备,有效去除接头分子(adaptor),高效获取所需大小片段范围的DNA

细节描述

用于NGS文库构建。专为Illumina and SOLiD平台开发,最适合回收200-700bp范围DNAALINE专利的基于磁珠的DNA筛选产品,回收效率更高,DNA分离能力更好。这种方法通量高、可调,能根据你的意愿实现对感兴趣DNA的分离。与其它DNA片段分离方式相比,DNA SizeSelector-I应用更简单,结果重现性高,能最大限度降低批次间差异。

特性

卓越的接头去除能力

适用于Illumina, Ion Torrent, PacBio, Roch/454SOLiD平台,高的片段筛选能力

优化的,柔性(flexible)流程

高效去除引物二聚体,无需进一步纯化

操作简单,易于实现自动化

下面提供两篇使用该产品的文献供参考

Tan et al., Molecular Biology of the Cell, 2014,

https://reck-peterson.med.harvard.edu/sites/reck-peterson.med.harvard.edu/files/publication_pdf/Tan_2014.pdf

KH Wong et al., Current Protocols in Molecular Biology, 2013, 101:7.11 1-7.11.11: Multiplex Illumina Sequencing Using DNA Barcoding, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23288465

 Reinholdt et al., Mamm Genome, 2011, 22:685-691:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3505986/

1.5 PCRClean DX

简要介绍

在寻找替代Bechman Ampure XP的方式吗?PCRClean DX花费更低。

产品细节

PCRClean DX试剂盒使用ALINE专利的顺磁珠技术,快速纯化DNA片段。PCRCean DX用于直接取代Beckman's Ampure XP,无需改变任何流程,而同时带给用户NGS文库制备更优良的接头去除能力,更高的引物二聚体移除效率。

应用

用于Illumina, Ion Torrent, PacBio, Roche/454SOLiD等二代测序平台

Sanger测序所需PCR产物的纯化

基因分型和突变检测

引物步移(Primer Walking)

用于其它下游分子工程中

产品特点

纯化(clean-up)更灵活:通过不同的实验流程可实现对>100 bp>60 bp amplicons的高效回收

高效去除dNTPs,引物二聚体,盐和其它杂质。

处理时间:15分钟/96样品

通量灵活:离心管,96384孔板

订货信息

Catalog Number

Product Size

C-1003-5

PCRClean DX, 5mL. 300 rxns

C-1003-50

PCRClean DX, 50mL. 3,000 rxns

C-1003-250

PCRClean DX, 250mL. 15,000 rxns

C-1003-450

PCRClean DX, 450mL. 27,000 rxns

C-1003-Bulk

PCRClean DX, largest size.

 

 

 

 

 



参考应用该产品的文献:

Sun et al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012

http://www.pnas.org/content/110/9/E808.full.pdf+html

 1.6 RNA MagClean DX

简要描述

RNA样品纯化,RNAClean XP的替代品

产品细节

该试剂盒设计用于RNA样品的纯化,除去盐,酶和其它的潜在杂质。RNA经简单三步实现纯化,1. 结合,2. 70%乙醇清洗,3. 洗脱。过程可自动化,实现高通量RNA纯化。

应用

RNA测序

体外转录

芯片

RT-PCR

优点

完全的去除盐,多余引物和dNTPs

操作简单,容易实现自动化

水相(aqueous)洗脱

同时纯化cDNAcRNA

 2.      DNA Purification Kits

产品包括如下类型:Buccal Swab gDNA KitDNA Concentrator - MXFFPE MagaPurePureGenome Blood gDNA KitPureGenome Plant gDNA KitPureGenome Tissue gDNA KitSequeMid Plasmid Prep

 2.1 Buccal Swab gDNA Kit

简要描述

在口腔拭子(Buccal Swap)中分离gDNA

产品细节

该试剂盒设计用于使用专利的磁珠技术分离口腔拭子中的基因组DNA。其提取的DNA具有极高的得率和质量。

适合96孔板和1.5mL离心管应用

 2.2 DNA Concentrator – MX

简要介绍

一步实现DNA的浓缩和纯化

产品细节

该产品使用了专利的顺磁珠技术

可高通量使用

可同时实现DNA样的浓缩和纯化

可出色提取低丰度,差质量样品DNA

花费低廉

 2.3 FFPE MagaPure

简要描述

FFPE (formalin-fixed, paraffin-embedded)组织中DNARNA, microRNA的纯化

产品细节

FFPE组织DNARNA, microRNA的纯化。设计用于高通量,适合现今市场上所有主要液体处理工作平台的使用

高效

ALINE FFPE MagPureAgencourt® FormaPure®的流程可交互应用

 2.4 PureGenome Blood gDNA Kit

简要描述

gDNA分离试剂盒

细节描述

使用专利磁珠技术,用于哺乳动物血gDNA的手动或高通量分离。该流程可以96孔板或是离心管形式完成。每次提取的得量为平均48微克。所获DNA质量高,得量大。与其它DNA纯化产品相比,不产生gDNA拖影(shearing gDNA)gDNA完整度高,最适合用于长PCR (long PCR)NGS文库的构建。纯化的gDNA能用于PCR,限制性酶切和基因型分析。

该试剂盒与Beckman's Genfind V2相当。

 2.5 PureGenome Plant gDNA Kit

简要描述

植物gDNA分离试剂盒

产品细节

PureGenome植物/种子gDNA试剂盒用于在叶片,花朵和种子等各类植物样品中简单、快速分离gDNA,获得无抑制剂(inhibitor)、适合PCR反应的gDNA。流程简单,可自动化实现高通量gDNA提取。使用这一基于磁珠的产品可有效去除多糖,多酚和单宁(polyphenols/tannin)

洗脱所获DNA适合PCR,新一代测序和基因型分析等

 2.6 PureGenome Tissue gDNA Kit

简要描述

用于组织gDNA分离

细节描述

用于动物组织样和唾液中自动、高通量提取gDNA。一次可处理10 mg组织。所获gDNA适合PCR反应,酶切消化。可与DNAdvance试剂盒媲美,与Oragene的唾液收集管兼容。

 2.7 SequeMid Plasmid Prep

简要介绍

质粒,cosmid制备

产品细节

这一基于磁珠技术的产品用于在大肠杆菌中自动化,高通量的纯化质粒,cosmidformid。所获质粒适用于高通量DNA测序。可与CosMCPrep媲美。

 3.      RNA Purification Kits

包括FFPE MagaPureRNA MagClean DX两类产品。

FFPE MagaPure见先前2.3的介绍。RNA MagClean DX见先前1.6的介绍

 4.      NGS Normalization Kits

包括DNA Molar NormalizerDNA Normalizer V2

详情见先前1.11.2介绍。

 5.      Sanger Sequencing Kits

包括PureSEQPureSEQ-MPSequeMid Plasmid Prep

 5.1 PureSEQ

简要描述

用于sanger测序中BigDye terminator的去除和盐纯化,获取高效、一致的质量。

产品细节

用于ABI 3730中,BigDye,引物二聚体和其它杂质的去除和纯化,质高价廉。品质至少与Agencourt CleanSEQ相当。价格节省至少50%(BigDyeCleanSEQ分别为Life TechnologyBeckman Coulter, Inc.产品)

ALINE PureSEQ使用ALINE专利的磁珠测序纯化体系,用于Sanger测序过量BigDye terminator的清除。能最大限度移除测序反应中的杂质,如盐和未掺入的terminators。该产品为CleanSEQ替代物,操作步骤与CleanSEQ相同。

特点与优势

获得测序结果更准确,读取长度更长

高的平均信号强度

手动或自动化友好

无需离心或过滤

 5.2 PureSEQ-MP

简要介绍

特为新客户提供!PureSEQ产品线中最新,最有力,具独特性质的产品

细节描述

ALINE BigDye去除/纯化产品线中的最新产品,具有最好的效率。可有效去除dye terminator,盐和其它杂质。更多能、有效,使用该产品用于测序纯化(cleanup)可获取最高质量的测序结果。

特点与优势

38496孔板可用,尤其适合384孔板模式。

所获高质量测序序列更长

适合更宽范围DNA模板浓度范围,包括低浓度的DNA模板

更低的重复率

纯化步骤与常规PureSEQ相同

 5.3 SequeMid Plasmid Prep

详情见2.7介绍。

 6.      NGS Library Prep Kits

产品包括DNA NGS Library Prep Kit - for IlluminaRNA NGS Library Prep Kit - for Illumina

 6.1   DNA NGS Library Prep Kit - for Illumina

简要介绍

经优化的自动化DNA文库准备试剂盒,含条形码。

产品细节

在多种NGS中应用。可用于各物种gDNA文库,长扩增产物(amplicon)测序和从mRNA转录生成双链cDNA

特点与优势

操作时间只约2小时

易于自动化

经过了全面的优化处理

这一试剂盒为单管反应(single tube reaction),用于末端修复(end repair)dA加尾。磁珠用于这两步之间的纯化过程。流程可实现自动化。用户可选择省略位于末端修复和链接之间的纯化步骤,从而节省2-3小时时间(视样本数量多少)。可咨询获取关于该产品的更多信息。

 6.2 RNA NGS Library Prep Kit - for Illumina

简要介绍

使用Illumina平台直接进行RNA测序获取整个转录组

细节描述

RNA文库制备试剂盒为单管反应,一天内完成,手动处理时间短。只需简单流程,测序后可或RNA转录本信息。用于RNA从头(de novo)测序和转录本鉴定。使用该试剂盒可使用低达10ng mRNA,经简单流程成功完成RNA文库制备。

特色与优点

更高的得率—整个转录组的直接测序

更简单的工作流程—省略了第二链cDNA合成步骤和接头连接步骤

所需材料更少—低到10ng mRNA

单管内反应,一天内完成


群晓科苑为ALINE授权的中国大陆代理商,如果您对ALINE产品感兴趣,需要相关技术资料或价格咨询,请随时联系!

 http://s4/small/0023pY0vgy6QEHFM5KH13&690

北京群晓科苑生物技术有限公司(QBIOSCIENCE)主要经营生物医药领域的试剂、耗材和仪器。群晓生物致力于为用户提供优质的材料、技术和实验整体性解决方案,完美配合用户的科研创意和灵感。群晓生物立志把一流的产品、专业的技术和完善的售后服务献给广大用户。

北京群晓科苑生物技术有限公司

www.qbioscience.com

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Tel: 010-84504282/64880108

qbioscience@126.com

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