中国闽台缘博物馆展品陈列共分五缘七个部分：第一部分（地缘）：远古家园———福建与台湾一水相连，闽台两地原始文化密切联系，共同开辟了远古的家园。第二部分（血缘）：血脉相亲———闽台两地同根同宗，血脉相连，骨肉相亲。第三部分（法缘）：隶属与共———台湾自古是中国领土。第四部分（商缘）：开发同工，数以百万计身强力壮的福建移民，渡台把宝岛从荒芜之地开发为富庶之区。第五部分至第七部分为（文缘）第五部分：文脉相承———今天台湾的方言、祭器、民间工艺、手工技术等，仍保留着浓郁的闽南和客家传统。第六部分：诸神同祀———福建移民赴台，带去祖籍地的神像或香火。台湾民间供奉的各种神灵，绝大部分由福建传入，其祖庙皆在福建。第七部分：风俗相通———台湾与福建尤其是闽南，风俗相通，习惯相同。