原核生物启动子： 
在基因或操纵子的终末往往具有特殊的终止顺序,它可使转录终止和RNA聚合酶从DNA链上脱落。 
例如大肠杆菌色氨酸操纵子后尾含有40bp的GC丰富区，其后紧跟AT丰富区，这就是转录终止子的结构。 
终止子有强、弱之分，强终止子含有反向重复顺序，可形成茎环结构，其后面为polyT结构，这样的终止子无需终止蛋白参与即可以使转录终止。 
而弱终止子尽管也有反向重复序列，但无polyT结构，需要有终止蛋白参与才能使转录终止。 

典型转录终止子的特征：茎环结构，富含GC；含4个以上的U。 

原核生物启动子序列包括：CAP序列，增强聚合酶的结合和转录的起始序列（-70~-40）；识别区（-35）；解旋区（-10）；转录起始位（+1） 



真核生物启动子： 
启动子（promoter）：真核基因启动子是在基因转录起始位点（+ 1）及其5’上游近端大约100~200bp以内（或下游100bp）的一组具有独立功能的DNA序列，每个元件长度约为7~20bp，是决定RNA聚合酶转录起始和转录频率的关键元件。 
启动子包括：A。核心启动子（core promoter）：是指足以使RNA聚合酶Ⅱ转录正常起始所必需的、最少的DNA序列。其中包括转录起始位点或起始子（initiator）（+1）：一般是A或G及转录起始位点上游-25/-30bp处富含TA的典型元件TATA框。 
B。上游启动子元件(upstream promoter element，UPE)：包括通常-70bp附近的CAAT框：GGCCAATCT和GC框：GGGCGG等，能通过TFⅡ-D复合物调节转录起始的频率，提高转录效率。 

RNA聚合酶II的启动子: 
第一个部位为帽子位点，即转录起始位点。其碱基大多为A（指非模板链），两侧各有若干个嘧啶核苷酸。 
第二个部位为TATA框（Hogness box）。它位于-25个bp其共有序列为：TATAA/TAA/T，基本上由AT碱基对所组成，只有很少启动子中有GC碱基对的存在。 
第三个部位 为CAAT框。其共有序列为GGC/TCAATCT，一般位于-75（-100～-200）附近。虽然此序列名为CAAT框，但其中头两个G的重要性并不亚于CAAT部分。CAAT框为上游控制元件，为转录所需。 
第四个部位是增强子（enhancer），又称远上游序列（far upstream sequence）。一般都在-1OO以上。增强子的作用主要是，对依赖于TATA框的转录和不依赖TATA框的转录都有增强效应，但对前者增强效应高；距离效应和极性效应。