据有关史料记载，濮岩寺原名庆林观、定林寺、定林禅院，该寺始建于初唐，兴盛于北宋。宋元祐五年（1090年），合川知州刘象功在《濮岩铭》中记载了濮岩寺盛况：“距城三里有僧舍，依大江林麓，楼观耸云如画者，伏于缣事间，其绝俗幽邃，历历可指。”

摩崖造像附近的石壁上，还有两处抗战时期的摩崖题字，一处为“宪兵屯练处”，一处为“黄帝纪元四千六百二十三年”。

明末清初，寺庙历经兵火毁焚重建，现存寺庙为清嘉庆二十一年（1816年）、同治元年（1862年）重建，仅存正殿、左右厢房及山门。

抗日战争时期，大批沦陷区学生流亡合川，国民政府则在濮岩寺下半部分设立国立二中，上半部分则作为“宪兵屯练处”。解放后，国家在国立二中基础上设立合川师范学校，下半部分继续作为校舍使用，上半部庙宇在“文革”中遭到破坏。现在的濮岩寺，是在古代濮岩寺上半部分基础上维修重建的一座庙宇。