我认为LAMMPS主要使用velocity命令生成初始速度， 但如果你输出了速度到dump文件里，下次再启动之前可以用velocity scale来生成想到的温度，缩短预驰时间吧。

根据我的理解，只要是fix的命令，都是在run的过程中重复进行的，就是相当于写进了循环体内。lammps里面的速度更新、位置更新等也是通过fix来实现的，例如fix nve，fix npt等。其他大多数命令则只是执行一次。这一点可以参考一下lammps的源代码中相应的cpp文件。这样，fix temp/rescale以及velocity的区别可能会更容易理解一些。因为fix temp/rescale的代码中并没有对速度、位置更新的代码，所以，要实现位置和速度的更新，必须加上如fix nve等有更新速度、位置的代码的命令。这也就是手册上说的，只有fix temp/rescale是不能更新速度、位移的。个人理解，仅供参考，呵呵。