加载中…Pymol学习笔记（二）：基本的鼠标操作
(2014-12-11 11:40:12)
标签：
佛学 |
分类： 动力学模拟 |
这里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。
当你打开Pymol后，你将会看到两个界面，上面的外部GUI窗口（External
GUI）和下面的Viewer Window。Viewer
Window又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（Internal
GUI)。Viewer自身包含一个命令行（如图中左下方的PyMOL>提示符），可以用来输入Pymol命令；在Inernal
GUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。External
GUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在External
GUI中完成，并且必须使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”来完成，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。
加载文件，有二种方法：
在External GUI中选择File －
Open
使用命令行：
load
例如我们现在从www.pdb.org上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERIC
LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA
CHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：
load 2vl0
该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：
点击放大图片
基本的图像操作:
是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的，当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。
先说说鼠标吧。
任意旋转图像：
对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
放大/缩小图像：
对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。
移动图像：
对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
设定图像旋转中心：
Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。
移动剪切平面：
Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面（离你近的）；鼠标左右移动：调整后剪切平面（离你远的）。
最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。
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