智化寺内中轴线上诸建筑，从前往后，依次为山门、智化门、智化殿，最后则是如来殿。在原来的智化寺寺院格局中，如来殿之后尚有大悲堂、万法堂。

如来殿是智化寺内的核心建筑，体量最大，是一座两层楼阁。一层为如来殿，二层为万佛阁。这座如来殿看着很舒服，红墙黛顶小二楼，蓝天下又鲜艳又气派。

一层如来殿金砖铺地，中央有彩塑三身。东西两端各设木梯，可达二层万佛阁。万佛阁内原来极其惊艳的藻井早已流失海外，万佛阁内的三世佛的精美程度位居智化寺之冠。可惜万佛阁已封闭许久，无缘登上一观。

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一层如来殿内有一佛二胁侍彩塑三身。主尊为释迦牟尼佛，结跏趺坐，施降魔印。佛像身躯饱满，神态安详，衣纹流畅，是京城古刹造像中的上品。虽然刘敦桢先生批评其较劣，“其与吾人印象，只笨拙二字”。但刘先生参照的是南北朝之庄严古朴、隋唐之雄浑、赵宋之流丽。大帝都到哪儿去找这些去？比比满目皆是的烂清俗艳和国朝拆货，智化寺造像在京城完全可以拿得出手了。

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二胁侍都是菩萨装束，戴华冠。一持白拂，一持金刚杵。这样的手中持物是大梵天和帝释天的明显认定标识。大梵天和帝释天是从印度教中吸收过来的佛教护法神，是天龙八部中的天部领袖。相比起以迦叶阿难二弟子或文殊普贤二菩萨作为释迦牟尼佛二胁侍，以大梵天和帝释天作为胁侍不太常见，但也绝非孤例。陇东石窟中有很多这样的壁画、彩塑实例。大梵天和帝释天作为释迦牟尼胁侍既有俗世打扮的帝王装束，也有作菩萨装束的实例。殿内标识把帝释天误认为金刚，估计是受了手中所持金刚杵的误导。

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二胁侍大梵天、帝释天的身姿、面容略显呆板单调，但衣饰极工极细，在很大程度上提升了精彩度。

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阉竖乱政，是大明朝摆脱不掉的毒瘤。论为祸之巨，王振绝对能排进前三。土木之变后，王振全家抄家处斩，但智化寺似乎没受到什么牵连。经此大变的英宗竟然对王振还是念念不忘，复辟后，于天顺元年在智化寺内为王振建精忠祠，又是复官，又是赐祭。爱屋及乌，智化寺也受到英宗的额外眷顾。天顺六年英宗颁赐藏经，石碑现在还立于如来殿中。如来殿东西两次间的经橱可能即为此而造。

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英宗颁赐藏经碑