碱基对排列顺序如何算?

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对一道高考题的商榷(2002年第1~2合期《中学生物教学》35)
陕西省神木中学(719300)刘元
在2000年上海高考生物试卷中有这样一道题:
由120个碱基组成的DNA分子片段,可因其碱基对组成和序列的不同而携带不同的遗传信息,其种类最多可达()
A.4120
正确答案为C。
那么果真有460种不同的DNA吗?让我们简化一下问题:假设现有一DNA分子片段,共含2个碱基对,问这个DNA分子片段的种类最多有多少种?按本题解题思路,应为42=16种,按排列组合的原则,我们把这16种写出来:
现在我们来检验一下,真的有16种吗?稍加注意,我们便会观察到这16种DNA分子片段中事实上是有重复的,如(1)和(6)、(3)和(14)等。为什么呢?因为DNA具有空间结构,它是三维的东西,(例如有机化学中的“手性”问题),我们要把DNA放在空间中去考虑。
那么如何判定(3)和(14)是相同的DNA分子片段呢?
首先,我们可以观察它的每一条多核苷酸链上的碱基顺序是不是相同,但应注意多核苷酸链是有方向的。(3)中的两条链按5’→3’的顺序分别是
也就是说它们的碱基顺序实际上是相同的,因而携带有相同的遗传信息。关于这一点也可以从它们转录之后形成的mRNA上,从5’→3’方向具有相同的碱基排列顺序这一事实中得到证明;其次,我们在空间找寻一下(3)和(14)的共同之处,只要我们把(3)在平面内按顺时针方向旋转180°便成了(14),进一步说明(14)和(3)不过是同一个DNA分子片段在空间摆放的位置不同所导致的结果。值得注意的是请勿因为(1)和(6)是相同的DNA分子片段,就认为这种关系是由两条链上的碱基左右对调造成的。
例如,
就是左右两边碱基对调之后形成的,但它们并不是同一个DNA分子,因为多核苷酸链是有方向的,同样在(3)和(14)中我们也认识到了这一点,只不过是从另一个角度出发而已。即虽然不是碱基左右对调的结果,但却是同一个DNA分子,事实上(6)仍然应该认为是(1)经过平面旋转180°形成的,而不是左右碱基对调的结果。
从这个简化了的问题中,我们不难得到结论,这道高考题所给的答案是值得商榷的,从某种程度上讲是把DNA结构平面化了,同时也可说明对DNA空间结构的认识有待深入。
那么这道题应该怎么做呢?
有人猜想答案应该是460/2,因为按排列组合的原则,在460种中,每写出一个DNA分子片段,就可以将它旋转成另一个和它在本质上相同但在460种仍然占了一个位置的DNA分子片段,即在DNA分子片段的种类计算中,有一半是重复的。因此这种做法是有一定道理的。对不对呢?我们可以在刚才那个简化的例子中检验一下,答案应为42/2=8种,但是实际上却有10种,它们是1(6)、3(14)、4(10)、7(13)、8(9)、11(16)、2、5、12、15,问题出在2、5、12、15这4种DNA分子片段上,它们不是成对出现的,为什么?仔细观察一下就会发觉,这4种DNA是有特点的,它们的特点在于它们在平面内旋转180°后,与原来的自己完全重合,这样,在42=16种中它们是单个存在的,没有对应的旋转后的产物(因为旋转后的产物就是它自己),所以不是简单的42/2=8种,而是(16-4)/2+4=10种。
那么在这道高考题中,旋转180°后与原来的自己完全重合的DNA分子片段到底有多少种呢?这就要求我们搞清楚这种DNA分子片段的特点到底是如何形成的。我们来看这样一个简图:
要旋转后与自身重合,即要求①区=④区(因为互补必然导致②区=③区,但应该注意核苷酸链的方向)。这下我们明白了,只要把一个DNA分子片段中一条单链的前一半碱基填好(即填好①区),然后再按相同的碱基顺序填好④区,(注意方向,①是由左向右填,而④是由右向左填)再按互补配对原则补好②区和③区便可以了。这样的DNA分子片段便可满足旋转180°后与自身重合的要求,这样的DNA分子片段在上边排列组合的计算中只占一个位置,并不成对出现,因此在计算中要单独考虑,当然除过这一类型的DNA分子片段以外,剩下的DNA分子片段则是成对出现的。
那么,在这道高考题中这种与自身重合的DNA分子片段共有多少种呢?根据上面讲到的这种DNA分子片段的形成原因(只填①区,便确定了整个DNA分子),不难得到这样的DNA分子片段应有430种,(即用4种碱基去填DNA单链上前30个空,每空4种填法),这样最终答案便出来了,它是(460-430)/2+430=(460+430)/2。
引发的思考:
1.从上面的分析计算过程来看,这种类型的试题远远超出了学生的能力与现有知识水平,不考为妙。
2.在DNA空间结构的教学中还需想办法,用更直观的教具,更灵活的教学方法启发学生,帮助他们正确理解。
3.这道题的延伸:如果一个DNA分子片段含有奇数对(如3对、9对)碱基,那么做法又会有所变化,因为在含有奇数个碱基对的DNA分子片段中,没有在平面内旋转180°后与自身重合的可能性,因此无需单独计算。例如,某DNA分子片段含59个碱基对,那么其种类最多为459/2,故得通式如下:
S=(4n+4n/2)/2(n为偶数)
S=4n/2(n为奇数且大于1)
其中S表示DNA分子片段的种类,n为DNA分子片段所含碱基的对数。