加载中…Zdock的安装、使用
(2014-06-12 18:34:09) | 分类： 分子模拟 |
zdock其实没有什么安装，找个文件夹，解压，然后把3个程序加入bash就可以了：mark_sur、zdock、create_lig。
mark_sur命令会改变标准的pdb文件格式
-S
：设定结构是否随机开始对接，默认为no；
-D ： 使用旋转密集采样，只有zdock输出将进一步更详细的结合能的计算时使用(默认)；
-F
：固定receptor，使其不进行旋转和转换；
-o
：输出文件设定。
使用的话，解压出来的readme文档里有简单的说明：
mark_sur receptor.pdb
receptor_m.pdb
mark_sur ligand.pdb ligand_m.pdb
zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o
zdock.out
create.pl zdock.out
需要注意的是，在readme文档中也有说明：“ The
file uniCHARMM should be in the current directory when executing
mark_sur.”“receptor_m.pdb,
ligand_m.pdb and create_lig must be in your current directory when
you create all predicted structures using
create.pl.”基本上就是解压出来的所有文件——一共只有7个，包括readme——都要在同一个文件夹下。
mark_sur命令会改变标准的pdb文件格式
（标准pdb文件格式见http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/framepdbintro.html，
中文解释可以参考http://blog.163.com/nm_myc_1013/blog/static/137725455201331842724812/）。
可以看到，第57列开始产生变化——标准格式中第57列开始为occupancy，PDB数据库中对于该参数的解释是：“The
occupancy of an atom is a measure of the fraction of molecules in
the crystal in which the atom is actually present in the position
specified by the model. If all of the molecules in the crystal are
identical, then occupancies for all of the atoms are 1.00.
Otherwise, two or more conformations may be observed for a small
region of an atom, such as a side chain. The atoms are then given
occupancies equal to the fraction of side chains in each distinct
conformation.”可以理解为原子是否准确的由这个模型或者结构进行表示了。
******************************************
而gromacs中在pdb2gmx就开始检查occupancy：“pdb2gmx will
also check the occupancy field of
the .pdb file.
If any of the occupancies are not one, indicating that the atom is
not resolved well in the structure, a warning message is issued.
When a .pdb file
does not originate from an X-ray structure determination all
occupancy fields may be zero. Either way, it is up to the user to
verify the correctness of the input
data。 ”
******************************************
这样的变化是根据uniCHARMM文件中数据进行的，该文件中仅有各残基的重原子信息，而没有H的信息，在terminal中就会看到：“unknown
type. rad set to 1.9. chg
0”，这样的字样。而示例所用的pdb文件在某些原子方面并不严格遵守标准PDB文件的格式，如上图中第一个原子：GLU的N原子，Atom
name应该从13列开始，但是该原子名字跑到了第12列上。所用，也被标记为了“unknown type. rad set to
1.9. chg 0”，否则其数据应该是“GLN N
1.63 -0.15
2”。
而非残基小分子信息也会被标记为unknown
type。设想如果自己编辑小分子信息的话，zdcok也能成为一个刚性蛋白-小分子对接工具了（虽然没多大的意义）。
而zdock中很重要的block功能，是由block.pl完成的。readme文档：“If
you know that some atoms are not in the binding site, you can block
them by changing their ACE type (column 55-56) to 19. This blocking
procedure can improve docking performance significantly. A blocking
script block.pl is included,
type
同样是修改occupancy的数值，直接改为19，即block住某些不参与对接的残基。
zdock的命令模式为：
可用的参数包括：-N
：设定输出的运算个数，默认为2000个；
输出的结果文件格式为*.out文件，用create.pl文件可以生成pdb文件。
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