Pymol下载可参见另一贴子关于软件下载的，需要用到Python，所以叫Py-mol，是相当强大的开源分子三维结构显示软件。现在Pymol已经被Schrodinger收购了，新版需要收费注册什么的，所以大家还是用旧版吧，不过新版的还是有原代码公开的。
Pymol 1.1 # pymol-1_1edu1-bin-win32.zip 很强大的大分子显示处理软件，附1.3版Linux版下载
Python 2.7.2 # python-2.7.2.msi 对应numpy

作者Warren Lyford DeLano已过身，以崇敬的心情悼念一下。这真是个NB的软件，可惜作者英年早逝啊！这真是结构和分子生物学界的一大损失！Nature Structural & Molecular Bioglogy 为此有篇讣告。
很实用经验的是@吕头的驴窝 关于Pymol的学习笔记 http://www.donkeyhome.org/protein/。但是过于强调指令了。作为一个初学者，也写个图形结合指令的大家分享，慢慢更新。

打开程序，有三个界面，一个外功能界面（高级选项都在这），一个内功能界面（便捷操作），另外最主要当然是图形显示界面（最底为指令输入，。右键总是弹出菜单。）



先肯定要打开个分子。输入指令可以在图形界面指令处或外界面底部输入处输入，同效。最简单打开分子操作，file-open-找到你的分子。另外，指令法就像linux一样，指令为load。指令结果等反馈信息出现在外界面大框框内。可以像文本一样选择黏贴，也可以中键复制。
pwd #查看当前目录； cd filepath #linux操作..跳到工作目录；ls #查看当前目录内容
load ****.pdb（可用复制，tab） 打开分子。更快的是load /path/filename。



然后打开分子，以原子类型和lines模式显示（PDB哈）。右上就有了多一项，就是打开的分子（称为object），若打开mol2或者里面有多个已定义的组分，object前出现加号，内号各个小object。All一项为所有所列的object进行所有一致的操作。
ASHLC是对应的一系列操作的，点击打开对应菜单。A为action，各种操作方式。S为show，显示的模式；H为隐藏，隐藏某些主体。L是label，加上如编号等标签，C为color，原子的颜色。

在show hide label中所选的都是对应的对象；颜色里面，可以按元素，链，次级结构（SS）光谱来显示，也可指定全部同一颜色（最底的），对应的颜色，set里面会有其余颜色可选。auto有子菜单，C元素，全部同一色，还有按object着色。多对象时推荐选all-元素着色，auto-obj e c。这样碳链就根据object不同着色，元素同一着色。
show和hide是对应的，一个显示一个隐藏。show第一项，as有子菜单，包含下面好多项（surface前），表示只以这种形式显示分子外形（针对同层次，例如line和cartoon，只用其中一种，sphere和dot也是），而as同级的该选项表示增加该显示模式，所以一般as里面的更常用，否则show-cartoon就会发现，cartoon外还有别的骨架形式，如lines，很难看。不过用surface就看不到罗 呵呵。line线形stick粗棍，ribbon像布朗运动的线条，cartoon就是最常用的螺旋啊折叠啊loop那种。label cell对应有时才有，mesh是网型表面，surface就是平日的表面，默认是原子颜色，dots是点点形轮廓，sphere就是球状原子。nb（non-bonded）暂时不知道何用。
在下面对应的就是主链，侧链，二硫键，有机分子进行显示，hide里对应有水，氢（非极性或全部），为选择的，所有东东。
Label就是按各项来显示，最常用还是clear和residue（残基类型+编号）了。
Action里面东东很多，可以说一般操作都在里面，all和object稍有不同。例如加/去氢，去水，删除，画面处理等。以后再介绍了。

在object框下面是鼠标+键盘配合操作说明。注意每次点击均会使其变化，viewing和editing模式，对应一些鼠标键盘操作有不同，参见显示说明。

selecting，和点击时对应拾取的对象，默认是residue，点一下捡一个残基，还有chains，atoms（常用），object，alpha-C，segment几项，单击那边的区域就可以切换。下面是状态state，暂时不知何用。

在下面有个s，打开sequence框；F是全屏模式，看不到外组件了；两者之间的下三角表示让分子自动旋转。最左边有个窄的长方形，双击可以收起内GUI栏。其余的是播放控制，暂时没用到。

外功能界面上面是菜单，左边是输入输出框，右边则是一些操作栏，其中比较重要是builder，用来画分子结构用；也可用这里打ray和旋转。

另外两个简单的操作指令先要记住的是，ray：增加灯光效果；png 名字，按改名字保存画面的图为png文件。

待续。。。。。。