加载中…利用R语言绘制韦恩图
(2012-12-16 21:10:22)
标签：
r语言韦恩图杂谈 |
分类： Python与R |
有关韦恩图的说明请参见维基百科，此处就不再赘述了。R中提供了多个可用于绘制韦恩图的软件包，本文主要是介绍的是VennDiagram包。
首先加载相应的软件包：
library(VennDiagram)
生成几个集合并计算各个集合及其相互交集的大小：
A = 1:150B = c(121:170,300:320)C = c(20:40,141:200)Length_A<-length(A)Length_B<-length(B)Length_C<-length(C)Length_AB<-length(intersect(A,B))Length_BC<-length(intersect(B,C))Length_AC<-length(intersect(A,C))Length_ABC<-length(intersect(intersect(A,B),C))
利用通用函数venn.diagram绘制两个集合的韦恩图：
T<-venn.diagram(list(A=A,B=B),filename=NULL
,lwd=1,lty=2,col=c('red','green'),fill=c('red','green'),cat.col=c('red','green'),rotation.degree=90)
grid.draw(T)
其中，参数filename指定用于保存图形文件的文件名，如果希望在当前的图形窗口中看到绘制的韦恩图，则filename必须为空；若希望将绘制的图形直接保存为某文件，则直接使用venn.diagram(...,filename='*')即可完成。参数fill表示各个集合对应的圆的填充颜色,col表示对应的圆周的颜色，而cat.col则表示集合名称的显示颜色。lwd用于设定圆弧的宽度，lty用于设定圆弧的线型。参数rotation.degree则可用于调整图形的旋转角度。
利用函数venn.diagram绘制三个集合的韦恩图：
T<-venn.diagram(list(A=A,B=B,C=C),filename=NULL
,lwd=1,lty=2,col=c('red','green','blue'),fill=c('red','green','blue'),cat.col=c('red','green','blue'),reverse=TRUE)
grid.draw(T)
从上面的两个例子可以看出函数venn.diagram是利用集合作为参数绘制韦恩图的，但是有时候我们并不知道各个集合都包含什么元素，而只知道集合及相互之间交集的大小，这个时候如何绘制韦恩图呢？包VennDiagram还给我们提供了另外几个函数：绘制两个集合的韦恩图的draw.pairwise.venn，三个集合的draw.triple.venn，四个、五个集合的draw.quad.venn、draw.quintuple.venn。我们此处只介绍前两个函数的用法。
利用函数draw.pairwise.venn绘制两个集合的韦恩图：
draw.pairwise.venn(area1=Length_A,area2=Length_B,cross.area=Length_AB
,category=c('A','B'),lwd=rep(1,1),lty=rep(2,2),col=c('red','green'),fill=c('red','green'),cat.col=c('red','green'),rotation.degree=90)
其中area1指第一个集合的大小，area2指第二个集合的大小，而cross.area则指交集的大小。参数category用于指定集合名称。其余参数与venn.diagram相同。
利用函数draw.triple.venn绘制三个集合的韦恩图：
draw.triple.venn(area1=Length_A, area2=Length_B, area3=Length_C
,n12=Length_AB, n23=Length_BC, n13=Length_AC, n123=Length_ABC,category = c('A','B','C'),col=c('red','green','blue'),fill=c('red','green','blue'),cat.col=c('red','green','blue'),reverse = FALSE)
同draw.pairwise.venn类似，area1、area2、area3分别指第一个、第二个、第三个集合的大小。n12表示第一个与第二个集合的交集大小，n23、n13也是类似，n123指三个集合的交集大小。reverse则指是否对图形进行反转。
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