加载中…利用samtools 转换sam 和bam
(2011-10-08 20:46:24)
标签：
杂谈 |
分类： Nextgenerationsequencing |
在网上找了半天，没有找到好的答案，只好看manual
不过太长了， 也不理解
最后搞懂了以下两条希望对别人能有所帮助：
BAM＝＝>SAM
samtools view -h -o out.sam out.bam
SAM＝＝>BAM
samtools view -bS out.sam >out.bam
-b 意思使输出使BAM format
-S 意思使输入使SAM，如果@SQ 缺剩， 要写-t
所以如果没有@SQ
samtools faidx ref.fa
samtools view -bt ref.fa.fai out.sam >
out.bam
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