和外科手术一样，原发疾病的严重程度都加重先天性心脏病介入治疗术时术后并发症的发生，术后经过是否顺利。另外重症先心病，直接影响介入性治疗方法的实施。

如婴儿重度主动脉瓣狭窄常伴有左心功能不全，重度肺动脉瓣狭窄伴有右心发育不良等进行球囊扩张术，术前及术中术后都可发生并发症。

对于婴儿大管型动脉导管未闻伴肺高压者，不适当安放封堵器引起降主动脉或左肺动脉血流受阻，或封堵器脱落，随血流漂至周围血管，容易引起股动脉血管并发症等。

对于伴有左或右室功能不全的心肌病、伴有二尖瓣或三尖瓣关闭不全者，一旦房间隔缺损关闭，可加重左心、右心功能或左右心功能不全。

对于这些患者都需要在术前进行严格的超声心动图或心导管术评价，并进行内科药物综合治疗，权衡先天性心脏病介入治疗与外科手术的利弊。