药师寺又称西京寺，是为日本南都七大寺之一。

680年天武天皇为了祈求皇后（即后来的持统天皇）病体早日康复，在藤原京建造了以药师如来为本尊的寺院。

但是，寺院尚未完成，天武天皇却不幸去世，继位的持统天皇、文武天皇继续建造寺院，大约于698年建造完成。