黄龙洞现已探明洞底总面积为10万平方米，全长7.5公里，垂直高度140米。洞体共分四层，洞中有洞、洞中有山、山中有洞、洞中有河。

据专家考证，大约3.8亿年前，黄龙洞地区曾经是一片汪洋，沉积了大面积的石灰岩和白云岩地层，经过漫长年代的孕育，直到6500万年前地壳抬升，出现了干溶洞，然后经岩溶和水流作用，便形成了今日地下奇观。