各类细菌的酶系统不同，代谢活性各异，因而对营养物质的需要也不同。根据细菌所利用的能源和碳源不同，将细菌分为两大营养类型。

自养菌 （autotroph）该类菌以简单的无机物为原料，如利用 CO₂ 、CO^2-₃作为碳源，利用N₂、NH₃、NO^-₂、NO^-₃等作为氮源，合成菌体成分。这类细菌所需能量来自无机物的氧化，称为化能自养菌（chemotroph），或通过光合作用获得能量称为光能自养菌（phototroph）。

异养菌（heterotroph）该类菌必须以多种有机物为原料，如蛋白质、糖类等，才能合成菌体成分并获得能量。异养菌包括腐生菌（saprophyte）和寄生菌（parasite）。腐生菌以动植物尸体、腐败食物等作为营养物；寄生菌寄生于活体内，从宿主的有机物中获得营养。所有的病原菌都是异养菌、大部分属寄生菌。

    对于水产养殖而言，大多数自养菌都是有益菌，大多数异养菌都是有害菌。