由于清王朝入门之后所修的正史多为努尔哈赤粉饰避讳，清初入之关之前留下了许多疑案，至今只能从野史或者满文老档中略窥端倪。

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疑案之一，舒尔哈齐之死。舒尔哈齐与努尔哈赤为一母同胞的兄弟，他自幼随兄起兵，勇敢善战，特别是在大破乌拉一战中军威大震，为努尔哈赤的霸业做出了巨大的贡献。然后，正当他四十八岁壮龄之际，却突然不明不白的死去，清朝的正史一字不提其死因。

很多的野史，以及一些研究明史的学者指出：舒尔哈齐是被努尔哈赤所杀，这一点在满文老档及朝鲜史书上有佐证。舒尔哈齐长年征战，功高招忌，引起了努尔哈赤的不满。他曾试图“出奔”以避祸，但最终仍然努尔哈赤所杀，连他的两个儿子，也相继被杀。

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另一个牺牲品，则是努尔哈赤的长子禇英。禇英和叔叔舒尔哈齐一样能征善战，足智多谋。十七岁时他就东征东海女真，为努尔哈赤建国立下了奇功，但是后来却不明不白的死了。后来的清史只说他是“置于国法”、“以罪伏诛”，究竟为何而死，却是讳谟如深。

据考证，禇英也是被努尔哈赤所杀。本来以禇英之才、智、勇、勋及长子地位，继承汗位是理所应当的。但是禇英的四个弟弟及开国元勋大臣们并不服气，联合起来反对禇英继承汗位，屡屡向努尔哈赤控告，甚至以躺倒不干威胁。努尔哈赤也深怕自己被架空，也怕自己创下的基业分崩离析，终于幽禁并斩杀了自己所钟爱的亲子。

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还有一个沦为皇位之争的牺牲品，则是与努尔哈赤长期共患难、创业建国的大福晋富察氏。如同舒尔哈尔一样，富察氏之死也是一个大冤案，所不同的是这起冤案是经过精心策划的。这时的努尔哈赤听不进任何意见，对谁对不信任。清史记载富察氏“获罪赐死”，并且列出了四大罪状，如勾引大贝勒，私藏财帛、私赐财物等。实际上都是无中生有和小题大作。

原因是大贝勒代善被立为嗣子，即将继承皇位。努尔哈赤也宣布百年之后，由代善“善养”大福晋及幼子。皇太极嫉妒代善，小福晋代音察因失宠对大福晋不满，一些属于皇太极集团的大臣也对代善不满，种种利益使这些人联合起来要先整倒富察氏，告发、陷害、做假证，使尽了一切手段。实际上努尔哈赤也不相信。但是，为了巩固自己的权位，他不惜休弃了与自己患难与共的妻子，使其成为皇权之争的牺牲品。

随着大福晋命丧黄泉成为冤鬼之后，代善的悲剧结局也行之不远了。尽管他屡立功勋，神勇无伦，尽管他以“太子”之身被宣布为皇位继承人，尽管他被努尔哈赤视为“心肝”，但最后仍然被废黜。代善勇猛异常，也有谋略，是一个治邦主国的领袖之才。但因代善有独立见解，加上顶撞过努尔哈赤，让努尔哈赤担心代善功高震主，起了杀心。只因代善还算聪明，亲手杀死了妻子盟誓“不处死刑”，才得以不死。

大千小评：恐怕只有看过李渊的遭遇，才能理解努尔哈赤吧。