在word里面的endnote工具栏有个Format bibliography选项，打开以后有个对话栏有with output选项，选择的就是各种输出格式，而这些输出格式中是包括引文编号方式的，只有选择“按照出现顺序编号”方式才能正确自动编号。
可以手动更改输出格式的编号方式，在endnote里面选编辑-输出格式-选择你要修改的输出格式名称，然后在弹出的对话框中找到“参考文献”-“排序顺序”然后选择“出现的顺序”就可以正确自动排序了。