加载中…【生物信息】GO中的基因注释证据代码
(2011-07-02 17:09:22)
标签：
geneontology生物信息学杂谈 |
分类： 生物信息学 |
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橙色部分表示证据来源可靠性比较高 |
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| 缩写 | 证据代码 | 例子 |
| IC | 由专家推测得到 |
一个蛋白质如果有“转录因子”的功能注释，专家就可以 推测它定位在细胞核中 |
| Inferred by curator | ||
| IDA | 有直接实验证据 |
如酶活化实验（针对“分子功能”），免疫荧光显微镜（ 针对“细胞组分”） |
| Inferred from direct assay | ||
| IEA | 有电子注释 |
基于像BLAST这些搜索软件搜索结果的电子注释（与ISS 比较，IEA没有被专家证实） |
| Inferred from electronic annotation | ||
| IEP | 有表达模式方面的证据 |
转录水平（如Nothern Bloting或微阵列实验结果）或 蛋白质表达水平（Western blots实验结果） |
| Inferred from expression pattern | ||
| IGI | 有遗传相互作用方面的证据 |
抑制基因；遗传致死基因；互补试验；还有其他一些 可以提供某一基因功能信息的实验 |
| Inferred from genetic interaction | ||
| IMP | 由突变表型推测得到 | 基因突变；基因敲出；过量表达；反义RNA实验 |
| Inferred from mutant phenotype | ||
| IPI | 由物理相互作用推测得到 |
酵母双杂交实验；共纯化实验；免疫共沉淀实验； 结合实验 |
| Inferred from physical interaction | ||
| ISS | 由序列或结构的相似性得到 |
序列的相似性；结构域；被专家确认的BLAST软件的 搜索结果 |
| Inferred from sequence or structural similarity | ||
| NAS | 有报道，但报道信息来源不可知 |
数据库（如SwissPort数据库）登录条目的记录中没有 引用已发表的文献 |
| Non-traceable author statement | ||
| ND | 没有相关的生物数据 | 对应于“unknown”的分子功能、细胞过程或细胞组分 |
| No biological data | ||
| TAS | 有报道，且可知报道信息来源 | 有一些综述文章或字典中可以找到相关信息 |
| Traceable author statement | ||
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