饭前服用或饭后一小时服用最佳。这样便于纳豆激酶在人体消化系统的小肠段被吸收进入血液循环系统，从而发挥其预防血栓和溶解血栓的作用。最佳送服用水的温度控制在摄氏30度左右。纳豆激酶的生物活性在摄氏30度时比较稳定，摄氏70度以上时纳豆激酶会失活。