大豆中也含有多种抗营养因子，若不加以认识和采取有效的加工措施，这些有害物质会引起大豆食品的营养价值下降及风味品质劣变。

（1）胰蛋白酶抑制剂：大豆、菜豆等豆类都含有能够抑制小肠胰蛋白酶活性的抗营养因子。生食豆类会妨碍蛋白质的消化、吸收、利用。所以在食前必须将其钝化。

（2）凝集素：豆类还含有一种抗营养因子，能使红血球细胞凝集的蛋白质（PHA）简称凝集素，这种糖蛋白。豆类在未湿热破坏处理前食用，会恶心，呕吐，严重的还会引起死亡。方法是常压下蒸汽处理1h或高压蒸汽（98kpa）处理15min。

（3）大豆皂苷：另一类抗营养因子大豆皂苷在大豆中约占干基的2%，脱脂后占0.6%。易溶水，具有溶血作用。

（4）致甲状腺肿胀因子：它不影响人体的成长，但研究发现它对人体甲状腺素的合成起到阻碍作用。

（5）肠胃胀气因子：是由于大豆中含有的棉糖和水苏糖所造成的。

（6）植酸：在大豆中也存在，这对于植物体自身来说，具有重要的生物学意义，这些是大豆在保护下一代植株所需必要成分。处理的办法有把大豆浸泡在19~25℃水中促使发芽，这样植酸被分解游离氨基酸、维生素C有所增加。实践证明利用浸泡、发芽这一生化现象和生物学原理可除去植酸。

综上所述，大豆中的抗营养因子可以通过加热、水洗，醇溶液处理来消除。中国传统的豆制品加工方法已经不知觉的消除了。也可采用红外线加热处理。来消除抗营养因子。

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