最近需要用deal.II 写有限元程序，就沿着 deal.II 的 tutorial 学习上面的例子。例子有很多，覆盖有限元计算的各个方面，包括网格，有限元选择，解法器当然还有最重要的一块是并行程序。deal.II的并行是对PETSc进行的包装，而PETSc是使用的MPI或者OpenMP并行环境。所以要装好deal.II 能进行并行的有限元计算，MPICH2和PETSc是首先需要装好的。而且MPICH2和PETSc是很多程序包所依赖的或者可选环境，安装方法和很多，这里就不一一赘述。

1. 安装MPI环境：
下载一份mpich2的压缩包，按照./configure -> make -> make install的基本顺序安装，默认安装位置，其他设置都可以用默认的（这一步安装还比较简单）。

2. 安装PETSc：
具体下载哪个版本的一定能安装好，我也不知道，我下载的PETSc3.2-p5，安装测试这个比较麻烦，我装了好多次，才让deal.II可以用PETSc编译出来的库文件。
现在把安装时候的脚本贴在这里：
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./config/configure.py PETSC_DIR=/home/masc/Documents/Software/petsc-3.2-p5 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug --with-mpi-dir=/usr/local/ --with-shared-libraries=1 --with-blas-lapack-dir=/usr/lib --with-c++-support=1 --with-dynamic-loading=1 --with-debugging=1

make PETSC_DIR=/home/masc/Documents/Software/petsc-3.2-p5 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug all

make PETSC_DIR=/home/masc/Documents/Software/petsc-3.2-p5 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug test
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主要需要说明的有 点：
<1> 设置环境变量 PETSC_DIR=/home/masc/Documents/Software/petsc-3.2-p5 PETSC export PETSC_DIR
  PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug  export PETSC_ARCH
这两个环境变量是安装PETSc必须的，一个是指定安装目录，一个是指定安装版本的字符串（PETSc按照配置的不同指定不同字符串，分配目录，可以方便的切换版本）

<2> 指定一些安装时候的选项
比较重要的有：一定要使用MPI  --with-mpi-dir=/usr/local/ 
这个选项不能与指定编译器同时使用（--with-cc=mpicc --with-fc=mpif90），指定了mpi dir之后 会自动找 mpicc 和 mpif90 的编译器
指定blas和lapack库 --with-blas-lapack-dir=/usr/lib
blas和lapack的重要性不必说，这个不显式指定，configure也会去找
再就是要编译出动态链接库 --with-shared-libraries=1 会在 $PETSC_ARCH/lib下面生成一个 libpetsc.so
之前没加这个选项，deal.II编译时候会找不到函数

<3>编译结束，进入src/下面 PETSc的任何一个模块的目录下，example/tutorial下面有很多例子可以用来测试安装是否正确

3. 安装 METIS
METIS用来对于网格进行分配，是进行有限元计算必须的之一。安装比较简单，软件包也很小。按照解压之后的INSTALL文件的简单说明，make一下就可以了

4. 安装deal.II
deal.II我安装的也是最新版本7.1.0，安装速度取决于你的机器，在其官方网站上面有平台的需求。
也贴上安装脚本：
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./configure --prefix=/home/masc/Documents/Software/deal.II/ --enable-mpi --disable-threads --enable-shared CC=mpicc CXX=mpicxx LDFLAGS=-L/home/masc/Documents/Software/petsc-3.2-p5/arch-linux2-c-debug/lib LIBS=-lpetsc --with-petsc=/home/masc/Documents/Software/petsc-3.2-p5/ --with-petsc-arch=arch-linux2-c-debug --with-metis=/home/masc/Documents/Software/metis-4.0.3/ --with-metis-libs=/home/masc/Documents/Software/metis-4.0.3/

make all
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使用mpi，多进程在与PETSc交互时，经常会使程序崩溃，在deal.II的step-17例子里也有说明，将其关闭。编译出动态库最后供linker使用，deal.II比较大，用动态库要节省机器开销。 指定一下编译器，这里需要和PETSc编译时使用同样的编译器。这个在之后configure的时候也会自动查找的。如果不一致则会报错。
后面连上PETSC和METIS的安装路径，指定一下库文件即可。

我安装好多次没成功的原因，在于测试用PETSc写的并行模块的程序时，会找不到很多函数，原因是未指定libpetsc.so的路径，之后在链接的时候就能找到了。主要是参数 LIBS和LDFLAGS进行设置一下好。

以上安装都是可以参考 ./configure -h 给出的选项说明的，在做相应的调整得到，具体安装其他第三方软件，可以继续参考help选项。