物质与精神的关系问题作为哲学最高问题其实就是人身上形体与精神或脑与心的关系问题。如果能够运用某种方法解释清楚形体与精神或脑与心的关系问题，那么就可以攻克作为哲学最高问题的物质与精神的关系问题。

目前对哲学最高问题即物质与精神之间关系的解释方法主要有以下几种：一是还原论的方法。这种方法把形体与精神或脑与心的关系看成是实体与属性的关系，然后通过层层解剖和还原的方式在实体人脑神经中寻找精神或心灵的奥秘，认为精神或心灵的奥秘在于实体人脑神经的奥秘，试图通过揭示人脑神经的奥秘进而揭示出精神或心灵的奥秘。第二是实践论的方法。这种方法的理论依据主要是恩格斯的劳动创造人。既然劳动能古猿创造为人，那么劳动也就创造了人的精神或心灵，劳动、实践导致了形体与精神或脑与心的分裂。因此，劳动、实践就是创造精神或心灵的根本力量。第三是系统论的方法。这种观点把形体与精神或脑与心的关系看成是两个系统之间的关系。美国著名神经生理学家、诺奖获得者斯佩里认为运用还原论的方法在实体脑神经中根本找不到精神或心灵，呼吁把精神或心灵看成是在人脑神经系统基础上突现形成的高层次系统。这个高层次系统具有自己独特的性质和功能，不能还原为低层次的人脑神经系统。我国著名科学家钱学森明确表示支持斯佩里的看法，认为这种系统论的方法合理解释了为何精神或心灵能够通过脑神经支配和控制人的形体的问题。因为，系统论认为高层次系统可以向下支配和控制低层次的系统。所以，作为高层次的精神或心灵完全可以向下支配和控制低层次的人的形体系统。在逻辑上，只有精神或心灵能够支配和控制人的形体，才能发生人的有意识、有目的的劳动、实践行为。显然，实践论的观点颠倒了精神或心灵与劳动、实践的关系，所以实践论的观点在逻辑上是存在瑕疵的。我们认为不仅还原论的方法无法回答精神或心灵为何能够向下支配和控制人的形体的问题，而且实践论的观点也无法回答精神或心灵为何能够向下支配和控制人的形体的问题。但是，与还原论、实践论不同的系统论的方法却可以完美回答精神或心灵为何能够向下支配和控制人的形体的问题。在生活中人们经常说发挥精神创造力量改变自然改变社会，但是人为何会有精神创造力量呢？这个问题不仅还原论的观点无法回答，而且主流的实践论的观点也无法回答。但是，如果把精神看成是人脑神经系统基础上突现形成的高层次系统，那么这个问题就可以迎刃而解。因为，开放系统都有自组织能力，而且自组织力量就是事物的创造力量。当我们把精神看成是人脑神经系统基础上突现形成的高层次的开放系统，那么精神就是自组织的就是具有创造力量的。所以，我们认为系统论方法比还原论方法和实践论方法更优越，其可以回答还原论方法和实践辩证法方法无法回答的现实和逻辑问题。也就是说，运用系统论的方法完全可以解释清楚作为哲学最高问题的物质与精神的关系问题。

大家知道，辩证法作为研究哲学必须遵守的公理或原理主要包含内因和外因、普遍联系、系统论、自组织理论等若干原则，在这些原则中根本没有实体性原则和还原论原则。也就是说，近代科学研究中人们经常运用的实体性原则和还原论原则根本不是建构哲学理论必须遵守的原则，但是很多人却有意无意地把这些非辩证法的科学研究中的原则当作构哲学理论必须遵守的原理或公理，甚至以“科学”的名义凌驾于辩证法中的系统论原则和自组织原则之上。我们认为正如研究平面几何必须遵守平行公理那样，建构哲学理论必须严格遵守辩证法原则，其他非辩证法原则必须抛弃或清除。如果我们在思想上真正清除了非辩证法原则，严格按照辩证法的系统原则建构哲学理论，哲学最高问题就不再是无法攻克的难题。