虽说《三体》是一部伟大的科幻小说，但是其中也有几个明显的悖论或者说自相矛盾的地方。
    比如在《三体1》中，三体人为了把地球的科技彻底锁死并实时监测地球世界的动向，他们把四个质子先做二维展开，然后在上面制作集成电路和CPU，最后他们再把这个二维的质子收缩成高维（十一维），并以接近光速的速度发射到了地球，从而成为在地球上无处不在的“上帝”，用于干扰地球高能粒子加速器的实验研究，破坏实验结果，从而使地球上的物理学陷入空前的灾难。从这一点可以看出，三体文明已经具备了改造粒子空间维度的能力，并且能把粒子加速到光速。可是在《三体2黑暗森林》中，三体星系的宇宙坐标被地球人通过引力波广播到宇宙以后很快就遭到了黑暗森林打击，而打击他的却只是一个光粒，也就是一个达到光速的粒子。这个光粒之所以这么厉害，是因为按照《相对论》的观点，速度越快质量越大，一个达到光速的粒子其质量已经变得无穷大，能量也变得无穷大。所以，三体世界的恒星在遭到光粒撞击以后就彻底报废了，然后连锁反应导致整个三体星系的毁灭。但是仔细想想似乎有点矛盾，你想啊，三体文明早在毁灭性打击之前就已经具备了把质子加速到光速的能力，而且能改造空间的维度，怎么可能对这种光粒打击一点防范也没有呢？另外，同样是加速到光速的粒子，为什么智子可以平安到达地球而没有摧毁任何东西（文中并没有说智子到达地球之前进行了减速），而三体文明却被一个光粒给毁了呢？
    再比如，在《三体3死神永生》中，地球人通过云天明讲的三个童话故事已经悟出了三体舰队光速飞行的原理，并成功制造出了靠空间曲率推动而达到光速飞行的“星环号”飞船。然后程心和AA乘坐这个光速飞船经过58个小时（以他们的飞船为参照系）就飞到了距离太阳系285光年的一个DX3906恒星，也就是说在太阳系的人看来她们飞了285年才到DX3906恒星，而她们自己感觉只过了58小时。这看似符合《相对论》的原理，其实根本不符合，因为按照相对论的理论，当飞船速度接近光速时，以飞船为参照系的时间将变得接近于零，也就是说时间已经停止了，根本不可能还有58小时这样的概念，飞船上的人应该感觉瞬间就到了目的地才对。我不知道这是作者无意间犯的错误，还是说另有说法。
    另外一个自相矛盾的就是那个二向箔，二向箔其实是神级文明制造的一个二维空间，这个二维空间一旦跟三维空间对接，就会把三维空间二维化，这才导致了整个太阳系被降维打击，最后变成一幅二维巨画，而三维空间的生命被二维化以后就死亡了。可是，在《三体3》中，蓝色空间号和万有引力号在茫茫太空中无意中接触到了四维碎片，然后蓝色空间号和万有引力号里的三维人却可以自由地从三维空间进入四维空间，也可以从四维空间进入三维空间，但是生命保存完好，并不会死亡。同样是生命在不同纬度间的跨越，为什么前者会死，而后者却不会死呢？
     类似的自相矛盾在《三体》中还有好多，也许是咱物理知识匮乏没有看懂其中的玄机，也许是作者另有深意。不过，作为一个科幻小说，毕竟不是科学论文，不必要求那么严谨。只要想象力够丰富，能够自圆其说，而且有基本的物理依据就已经非常不错了，就已经是难得的硬科幻了。最怕的是有些科幻小说胡编乱造，毫无根据地乱想，这就很没意思了。