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每日一生信—gz的压缩和解压缩

Genbank:AWGX01.1.gbff.gz    1.5 Mb  

Fasta:AWGX01.1.fsa_nt.gz     902 kb

ASN.1: AWGX01.1.bbs.gz     760.6 kb

 

提取文件时发生错误

 

从genebank下载的基因组的信息：

   wgs.XXXX.(##.)gbff.gz     Nucleotide GenBank flatfiles

   wgs.XXXX.(##.)fsa_nt.gz   Nucleotide FASTA files

   wgs.XXXX.(##.)qscore.gz   Nucleotide Quality-Score files

 

    wgs.XXXX.(##.)gnp.gz      Protein GenPept flatfiles

    wgs.XXXX.(##.)fsa_aa.gz   Protein FASTA files

 

    stats.wgs.XXXX            Summary nucleotide statistics

 

因为WGS的文件比较大，所以也可以切割为几个部分

    wgs.AAVP.1.gbff.gz

    wgs.AAVP.2.gbff.gz

 

    wgs.AAVP.1.fsa_nt.gz

    wgs.AAVP.2.fsa_nt.gz

 

    wgs.AAVP.1.gnp.gz

    wgs.AAVP.2.gnp.gz

 

    wgs.AAVP.1.fsa_aa.gz

    wgs.AAVP.2.fsa_aa.gz

 

通过gunzip或者gzip –d解压缩提取文件失败，在于这个文件有两次压缩，

1，在win下，可以双击这个压缩文件，然后选查看（不点解压缩，相对于第一次解压缩，注意这个时候文件大小的变化），接着点击查看或者解压缩，这就是第二次解压缩

2，在Linux下，通过gizp –d xx

   xx.gz文件变为xx,然后修改xx名字为xx.gz

   再次通过gizp –d xx就得到了解压缩文件了

 

Linux压缩保留源文件的方法：gzip -c filename > filename.gz Linux

解压缩保留源文件的方法：

gunzip –c filename.gz > filename gunzip的用法   1.作用 gunzip命令作用是解压文件，使用权限是所有用户。 2.格式 gunzip [-acfhlLnNqrtvV][-s

 

gzip作用

压缩文件

[root@www ~]# gzip [-cdtv#] 檔名

[root@www ~]# zcat 檔名.gz

选项与参数：

-c  ：将压缩的数据输出到屏幕上，可透过数据流重导向来处理；

-d  ：解压缩的参数；

-t  ：可以用来检验一个压缩文件的一致性～看看档案有无错误；

-v  ：可以显示出原档案/压缩文件案的压缩比等信息；

-#  ：压缩等级，-1 最快，但是压缩比最差、-9 最慢，但是压缩比最好！预设是 -6

 

gzip -d *.gz 可用于批量解压缩

范例一：将 /etc/man.config 复制到 /tmp ，并且以 gzip 压缩

[root@www ~]# cd /tmp

[root@www tmp]# cp /etc/man.config .

[root@www tmp]# gzip -v man.config

man.config:      56.1% -- replaced with man.config.gz

[root@www tmp]# ll /etc/man.config /tmp/man*

-rw-r--r-- 1 root root 4617 Jan  6  2007 /etc/man.config

-rw-r--r-- 1 root root 2684 Nov 10 17:24 /tmp/man.config.back.Z

-rw-r--r-- 1 root root 2057 Nov 10 17:14 /tmp/man.config.gz  <==gzip压缩比较佳

[root@www tmp]# gzip -9 -c man.config > man.config.gz

 

gunzip的用法

  1.作用

gunzip命令作用是解压文件，使用权限是所有用户。

2.格式

gunzip [-acfhlLnNqrtvV][-s ][文件...]

或者gunzip [-acfhlLnNqrtvV][-s ][目录]

3.主要参数

-a或--ascii：使用ASCII文本模式。

-c或--stdout或--to-stdout：把解压后的文件输出到标准输出设备。

-f或-force：强行解开压缩文件，不理会文件名称或硬连接是否存在，以及该文件是否为符号连接。

-h或--help：在线帮助。

-l或--list：列出压缩文件的相关信息。

-L或--license：显示版本与版权信息。

-n或--no-name：解压缩时，若压缩文件内含有原来的文件名称及时间戳记，则将其忽略不予处理。

-N或--name：解压缩时，若压缩文件内含有原来的文件名称及时间戳记，则将其回存到解开的文件上。

-q或--quiet：不显示警告信息。

-r或--recursive：递归处理，将指定目录下的所有文件及子目录一并处理。

-S或--suffix：更改压缩字尾字符串。

-t或--test：测试压缩文件是否正确无误。

-v或--verbose：显示指令执行过程。

-V或--version：显示版本信息。

4.说明

gunzip是个使用广泛的解压缩程序，它用于解开被gzip压缩过的文件，这些压缩文件预设最后的扩展名为“.gz”。事实上，gunzip就是gzip的硬连接，因此不论是压缩或解压缩，都可通过gzip指令单独完成。

 

 

Ps:

感谢瑜哥对我这个问题的指导

一般来说，gzip就够用了，尽量不要用gunzip

 

 

 

参考资料：

http://biomirror.aarnet.edu.au/biomirror/genbank/README.genbank.wgs

http://www.jb51.net/LINUXjishu/11041.html

鸟哥 http://linux.vbird.org/linux_basic/0240tarcompress.php