【T】每日一生信--biom格式(qiime)
(2014-05-26 11:31:23)
标签:
biom格式杂谈 |
分类: 16s分析 |
该博文已整理到新地址:
http://qinqianshan.com/ngs/16s/qiime-biom/
QIIME, MG-RAST, VAMPS中一种存储数据的格式
通过pick_de_novo_otus.py等产生
形式例如:
OTU ID PC.354
OTU0
OTU1
OTU2
OTU3
在这些脚本中被使用beta_diversity_through_plots.py, alpha_rarefaction.py和summarize_taxa_through_plots.py.py.
更多关于它的内容,参考:http://biom-format.org/documentation/biom_format.html
biom convert -i otu_table/otu_table.biom -o table_from_biom_w_taxonomy/table.from_biom_w_taxonomy.txt -b --header-key taxonomy
将otu_table.biom转化为txt的格式