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【T】每日一生信--biom格式(qiime)

(2014-05-26 11:31:23)
标签:

biom格式

杂谈

分类: 16s分析

该博文已整理到新地址:

http://qinqianshan.com/ngs/16s/qiime-biom/

QIIME, MG-RAST, VAMPS中一种存储数据的格式

通过pick_de_novo_otus.py等产生

形式例如:

OTU ID PC.354  PC.355  PC.356

OTU0     4

OTU1     0

OTU2     7

OTU3     3

在这些脚本中被使用beta_diversity_through_plots.py, alpha_rarefaction.pysummarize_taxa_through_plots.py.py.


更多关于它的内容,参考:http://biom-format.org/documentation/biom_format.html

 

biom convert -i otu_table/otu_table.biom -o table_from_biom_w_taxonomy/table.from_biom_w_taxonomy.txt -b --header-key taxonomy

otu_table.biom转化为txt的格式

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