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在用RAST注释的时候，会有一个选项，是build metabolic model，选择是，在注释结束之后，你看结果会有

» Browse annotated genome in SEED Viewer

» View metabolic model

这两个选项，选择View metabolic model，你就会进入model seed模式，那么model seed 到底是个什么东西呢？

Model seed（http://www.theseed.org/models/)跟已有的kegg,metacyc不一样，他们主要集中于基因功能，代谢反应和代谢通路的归类，而model seed的功能代谢模型不仅是呈现代谢通路，而且预测这些代谢通路如何被每个物种所支配的。

因为这个模型是基于SEED的注释结果来建立的，所以叫model seed,同时，又因为有一些步骤还需要后续的手工修改，所以我们说得到的结果叫draft models.

小试了一下这个工具，有一个比较适用的就是可以用不同基因组放在一起来比较，在KEGG图中，可以用不同的颜色来表示不同的基因组的信息，这样就比较清晰的看到在同一条代谢途径中这两个基因组功能基因的差异额。

参考资料：

文献：High-throughput generation, optimization and analysis of genome-scale metabolic models