几个容易搞混淆的词 mutation ,polymorphism,variation,variant  突变，多态性，变异

    mutation:在整个踢球上所有对人群中，小于%1的这种突变，大家把它通称为突变

    polymorphism: 如果超过1%的这种变异，大家把它叫做～，有时用5%这个cutoff

    variation,variant:一般是mutation和polymorphism的统称

    

    2,structral variation和copy number variation

    如上图所示，包括，insertion,deletion,duplication(包括紧挨着的tandem duplication和距离相对较远的这种interspersed duplication),染色体上的inversition和translocation

    短的插入删除（indel）可能在基因间区或是在内含子区，多数时候对表现的影响不是很大，但这不是绝对的。它还有可能在编码蛋白的编码区，如果在编码区它又会有两种可能的结果，一种导致frameshift（丢失或增加非3的倍数的碱基，导致整条链的位移，它就会编码一个完全不同的肽段，不光是这个蛋白的序列完全改变，它会在后面引入一个pre-mature stop codon，所以会提前出现一个终止密码子，那么这个蛋白就不会被翻译出来）,一种不会导致frameshift

    

    3, SNV单核苷酸变异在我们人的基因组是很常见的，一般来说每个人的基因组都会有300万个单核苷酸的变异相当于1/1000这样的一个频率，它可能出现在基因间区，或内含子区，也有可能是出现在启动子区。在基因区，它有可能出现在UTR，有可能是在内含子，也可能在编码区，也可能在非编码RNA区域。

     如果是在编码区的话，a,最严重的后果是它会引入一个stop codon,这样这个蛋白会提前终止，或者这个蛋白无法搬移出来，或者会翻译出来出来一个截短的一个一个版本。这个我通常叫做stop gain或者nonsense mutation;b,它有时会造成一个终止密码子的缺失（stop loss），那就是它最后这个蛋白会比原来的蛋白更长，但同时也有可能它无法被翻译；c,影响氨基酸的变异，叫做missense mutation或者是non-synonymous mutation,它是造成这个mi changes; d,还有一些在外显子区，又是编码蛋白的外薪资区发生的这个变异，但是它因为这个codon，他是degenerative,所以它有一些是synonymous,就是不引起氨基酸的改变，也叫做silient mutaion  e,最后在内含子和外显子交界的地方，有的变异会影响剪切，也会对蛋白造成很严重的影响。

    missense mutation（non-synonymous）非同义突变是目前研究最多的 ，主要的原因是它会改变氨基酸，也就是改变蛋白的序列。虽然加起来不到人的基因组的2%

    ps:哎呀呀，明显感受到魏丽萍老师的课节奏慢了很多，相较于高歌老师，而且遗传变异这一块我本科就很熟了，轻轻松松的上完这堂课。