正当新教横扫欧洲之际，天主教认为有必要对之实行反击，第一步就是在教内实行自我整顿，，铲除教内腐败，教皇开始整顿财务状况，品行端洁，正直高尚的人才被委任以教内重职。

    教皇的权威被再次巩固，善行和信念同样重要《新教只承认信念的重要》，所有被新教攻击的范畴，都或多或少地予以调整。在整顿天主教的活动中，出现了一种特殊的修会——耶稣会。

    耶稣会是西班牙人罗耀拉所创，入修会的信徒必须发四个誓言：贫困，纯洁，服从和绝对尊崇教皇。

    耶稣会是天主教内最具有战斗力的修会，因为他们认为有义务改变异教徒的信仰，必要时可使用武力，它的组织方式也是仿照军队组建，由一个将军率领，因为修会的服饰主要采用黑色，因而将军也被称为“黑教皇”。

    我们可以看到，耶稣会和新教的加尔文教非常相似，都属于各自阵营内最坚决的斗士，都认为有义务改变异教徒的信仰，都不惜使用武力，因而后来爆发的宗教战争，主要由这两个修会的信徒参与。

    早期耶稣会士的主要目的是海外传教，在地理大发现时期，他们到达印度，中国和日本，正是这些传教士的到来，使中国人开始了解西方的现代科学知识，中俄尼布楚条约所以能够签订，很大程度上是耶稣会的传教士起到了翻译和顾问的作用。再介绍亚洲历史的时候，我们会再次看到他们。

    为了反击新教得蔓延，耶稣会从教育入手，创建学校以宣传天主教理念，这导致天主教国家的识字率上升。同时建立各种慈善机构，因为天主教认为行善能够赎罪，因而，在欧洲的天主教地区，掀起了孤儿院和济贫园的浪潮。

    由于欧洲国家的建立和对基督教的依赖密不可分，因而统治者会很自然地认为，不同的信仰必然导致权力分裂，各国都实行宗教一体化，同样好斗的加尔文教徒和耶稣会士都认为对方是魔鬼，因此在半个世纪内，欧洲处于宗教战争当中。

    由于各国的历史条件不同，宗教战争以各种不同的形式在各国上演，在法国表现为内战，在荷兰，表现为民族解放战争，在英国和西班牙，表现为两国之间的海上争霸战争。