为药物研究科学家实现了最高百倍的计算性能提升

2010年4月29日，加利福尼亚州圣克拉拉市 - AMBER 11 是一款可为生物学家实现桌面超级计算性能的软件工具。随着该工具的发布，原本耗费时间的药物科学研究实现了显著的速度提升。 

最新版AMBER 11是一款针对NVIDIA®（英伟达™）GPU（图形处理器）进行优化的软件，是从事分子动力学研究的生物学家和研究人员应用最广泛的软件之一。与基于CPU的传统服务器相比，基于NVIDIA®（英伟达™）GPU（图形处理器）的服务器实现了最高达一百倍的速度提升。凭借GPU（图形处理器），台式机工作站实现了先前只能在超级计算机上才能达到的性能，生产率得到显著提高，科学家们再也不用为了等待共享超级计算机或部门服务器集群而浪费时间了。

罗斯·沃克博士（Ross Walker）是加利福尼亚大学圣地亚哥超级计算机中心的研究教授，对AMBER的发展做出了的巨大贡献。他表示：“我们需要的超级计算资源常常供不应求，因此不得不等上一天甚至更长时间才能完成一次模拟，而我们的研究项目则要拖延几周。”

NVIDIA®（英伟达™）Tesla™ 20 系列GPU （图形处理器）采用了大规模并行CUDA™ 架构，可满足高性能计算程序的特殊需求，而AMBER 11恰好利用了GPU （图形处理器）这一系列产品的巨大优势。在AMBER用户群体的先期测试中，沃克博士所收到的十几份测试报告表明，各种生物分子模拟因GPU （图形处理器）实现了30倍以上的加速。

沃克还表示：“现在，我们可以利用GPU（图形处理器）在台式机上完成大部分工作，这让我们的工作彻底改观。所有想要投资计算资源运行AMBER的研究部门都应该首先为每一个研究人员配备一台搭载GPU（图形处理器）的工作站。”

沃克博士注意到，当模拟一个25,000原子隐式溶剂核小体的一纳秒存在时间时，一颗Tesla™ GPU（图形处理器）实现的处理能力相当于一个含有512 颗CPU核心的高性能集群。他还注意到，在相对简单的显式溶剂模拟中，例如JAC基准模拟，Tesla™ GPU（图形处理器）产生的处理能力相当于NSF Ranger 超级计算机的48个核心。

NVIDIA®（英伟达™）纵向市场解决方案总经理Andrew Cresci表示：“计算机性能的数量级式的提升推动了新兴科学的发展，我们与沃克博士共同完成的工作就是其中的突破之一。GPU（图形处理器）所带来的速度提升，尤其是该产品在工作站中的便捷应用，使科学家们现在可以测试更多理论，并模拟很多不同的场景。”

点击此处可以了解更多关于AMBER11的信息。若希望了解更多关于NVIDIA®（英伟达™）Tesla™生物工作台、NVIDIA®（英伟达™）如何首创利用AMBER帮助生物物理学家和计算科学家通过GPU（图形处理器）推动生物化学研究的发展，请点击此处。