新疆的南疆地区面积大于北疆地区。种植主要分布在天山以南的巴州及天山以北的昌吉州、伊犁州和塔城地区。

随着辣椒产业的迅速发展，南疆巴州环焉耆盆地形成了以博湖县、焉耆县为主的鲜食、制干及色素辣椒种植区，种植面积接近2万hm2。

北疆昌吉州形成了以玛纳斯县、呼图壁县为主的色素辣椒种植区，

以昌吉市、阜康市为主的鲜食辣椒种植区，

以奇台县、吉木萨尔县为主的加工辣椒种植区，种植面积1.2万hm2；

塔城地区以沙湾县的安集海镇为主，干椒种植面积达3400 hm2，占全镇耕地面积的 54%，获得“中国辣椒之乡”的美称；

伊犁州形成了以伊宁市、察布查尔县为主的鲜食辣椒种植区，每年种植面积稳定在1300 hm2。鲜食辣椒每 667 m2产量2500-3500 kg，高的可达4000 kg 以上；色素辣椒产干辣椒450-500 kg/667 m2。主要品种有铁板椒、美国红、益都红、猪大肠、红安六号、早红线椒、陕椒2001、圣尼斯金塔、世农大将、世农红海、红金铁皮椒等。日光温室等保护地栽培生产区在南疆的喀什、和田、阿克苏以及北疆，设施栽培的辛辣型和微辣型的品种有湘研1号、湘研3号、保加利亚尖椒、沈椒3号、陇椒系列、砀椒系列、海丰8号、新椒6号、猪大肠等。甜椒型品种有中椒2号、茄门椒、甜杂2号、海花3号、荷兰德等。